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zlin610

金虫 (初入文坛)

[交流] 小分子转化为周期模型

最近在用castep做表面吸附，我想知道计算乙醛，氢气，乙醇等等这些小分子在金表面的吸附时，castep只能计算周期性模型，如何把乙醛，氢气，乙醇等等这些小分子转化为周期性模型来计算呢？请各位帮帮忙！
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1楼 2013-07-22 11:53:10
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fshadow

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zlin610: 金币+2, 恩恩，明白了。谢谢您！ 2013-07-23 15:59:44
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:04:59
引用回帖:
12楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-23 12:00:52
我先是build -crystal，就出来一个立方盒子，再把画好的分子复制粘贴到盒子里，就8个顶点都有小分子啦，但是Make P1一直是灰色的，不能用呢。...

可能是我没表述清楚。。。做表面吸附先要分别优化你的催化剂模型和吸附分子模型。吸附分子模型优化就是新建一个文件，然后在里面构建吸附分子模型，具体就是可以建一个3维盒子，把吸附分子放于其定点，然后做castep构型优化（注意取消优化晶胞选项）。分子构型优化完以后，就可以把优化好的分子构型再放到催化剂表面（金属表面之前需要做一下弛豫）。不知道这样有没有说清楚。。。
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13楼2013-07-23 12:07:21
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lq6865387

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:10
CASTEP帮助文件中有实例的  可以去学学   放到晶体上面 就可以吧
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2楼2013-07-22 12:33:00
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fshadow

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:17
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。
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3楼2013-07-22 14:20:13
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zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lq6865387 at 2013-07-22 12:33:00
CASTEP帮助文件中有实例的  可以去学学   放到晶体上面 就可以吧

我要做的是表面吸附，要算吸附分子，金属表面及吸附体系，如何用castep算那些小分子，那些小分子本来不具有周期性呀？你说的castep中的例子，就是CO分子在Pd（110）表面的吸附吗？但是CO分子很小呀，我想算大点的分子，乙醛呀，丁烯醛之类的，怎么得到那些参数呢？
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4楼2013-07-22 14:39:04
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zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 14:20:13
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。

首先谢谢你哈！可以说的再具体点吗，怎么把分子放到盒子里头呢?
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5楼2013-07-22 14:41:29
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zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 14:20:13
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。

还有个问题，能不能用Dmol3来优化小分子，用castep来优化金属表面和吸附体系？
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6楼2013-07-22 14:45:23
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zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 14:20:13
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。

我一把分子放上去，8个顶点都加了，一删，8个顶点的分子没了，怎么只放一个呢？
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8楼2013-07-22 15:15:36
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fshadow

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+1, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:35
引用回帖:
8楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-22 15:15:36
我一把分子放上去，8个顶点都加了，一删，8个顶点的分子没了，怎么只放一个呢？...

对啊，就是8其他顶点会一起有的，因为这就是周期性结构了啊。
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9楼2013-07-22 20:24:27
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zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 20:24:27
对啊，就是8其他顶点会一起有的，因为这就是周期性结构了啊。...

但是我只想放一个分子在金属表面，怎么办呢？
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10楼2013-07-23 09:49:44
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lq6865387

木虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:45
引用回帖:
10楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-23 09:49:44
但是我只想放一个分子在金属表面，怎么办呢？...

首先 把对称型变成 make P1  之后就可以了
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11楼2013-07-23 10:01:52
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zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by lq6865387 at 2013-07-23 10:01:52
首先 把对称型变成 make P1  之后就可以了...

我先是build -crystal，就出来一个立方盒子，再把画好的分子复制粘贴到盒子里，就8个顶点都有小分子啦，但是Make P1一直是灰色的，不能用呢。
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12楼2013-07-23 12:00:52
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wangjl712

木虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:06:02
引用回帖:
5楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-22 14:41:29
首先谢谢你哈！可以说的再具体点吗，怎么把分子放到盒子里头呢?...

将分子选中，按住shift，并向下按鼠标滚轮，移动鼠标就可以，而且工具里也有移动的图标啊
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14楼2013-07-28 20:54:12
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微暗的小火苗7楼
2013-07-22 14:55   回复  
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