应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 小分子转化为周期模型
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
141/1返回列表
查看: 1451  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zlin610

金虫 (初入文坛)

[交流] 小分子转化为周期模型

最近在用castep做表面吸附，我想知道计算乙醛，氢气，乙醇等等这些小分子在金表面的吸附时，castep只能计算周期性模型，如何把乙醛，氢气，乙醇等等这些小分子转化为周期性模型来计算呢？请各位帮帮忙！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-07-22 11:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fshadow

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zlin610: 金币+2, 恩恩，明白了。谢谢您！ 2013-07-23 15:59:44
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:04:59
引用回帖:
12楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-23 12:00:52
我先是build -crystal，就出来一个立方盒子，再把画好的分子复制粘贴到盒子里，就8个顶点都有小分子啦，但是Make P1一直是灰色的，不能用呢。...

可能是我没表述清楚。。。做表面吸附先要分别优化你的催化剂模型和吸附分子模型。吸附分子模型优化就是新建一个文件，然后在里面构建吸附分子模型，具体就是可以建一个3维盒子，把吸附分子放于其定点，然后做castep构型优化（注意取消优化晶胞选项）。分子构型优化完以后，就可以把优化好的分子构型再放到催化剂表面（金属表面之前需要做一下弛豫）。不知道这样有没有说清楚。。。
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2013-07-23 12:07:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lq6865387

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:10
CASTEP帮助文件中有实例的  可以去学学   放到晶体上面 就可以吧
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-22 12:33:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fshadow

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:17
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-22 14:20:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lq6865387 at 2013-07-22 12:33:00
CASTEP帮助文件中有实例的  可以去学学   放到晶体上面 就可以吧

我要做的是表面吸附，要算吸附分子，金属表面及吸附体系，如何用castep算那些小分子，那些小分子本来不具有周期性呀？你说的castep中的例子，就是CO分子在Pd（110）表面的吸附吗？但是CO分子很小呀，我想算大点的分子，乙醛呀，丁烯醛之类的，怎么得到那些参数呢？
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-22 14:39:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 14:20:13
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。

首先谢谢你哈！可以说的再具体点吗，怎么把分子放到盒子里头呢?
赞一下 回复此楼
5楼2013-07-22 14:41:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 14:20:13
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。

还有个问题，能不能用Dmol3来优化小分子，用castep来优化金属表面和吸附体系？
赞一下 回复此楼
6楼2013-07-22 14:45:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 14:20:13
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。

我一把分子放上去，8个顶点都加了，一删，8个顶点的分子没了，怎么只放一个呢？
赞一下 回复此楼
8楼2013-07-22 15:15:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fshadow

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+1, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:35
引用回帖:
8楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-22 15:15:36
我一把分子放上去，8个顶点都加了，一删，8个顶点的分子没了，怎么只放一个呢？...

对啊，就是8其他顶点会一起有的，因为这就是周期性结构了啊。
赞一下 回复此楼
9楼2013-07-22 20:24:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 20:24:27
对啊，就是8其他顶点会一起有的，因为这就是周期性结构了啊。...

但是我只想放一个分子在金属表面，怎么办呢？
赞一下 回复此楼
10楼2013-07-23 09:49:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lq6865387

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:45
引用回帖:
10楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-23 09:49:44
但是我只想放一个分子在金属表面，怎么办呢？...

首先 把对称型变成 make P1  之后就可以了
赞一下 回复此楼
11楼2013-07-23 10:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by lq6865387 at 2013-07-23 10:01:52
首先 把对称型变成 make P1  之后就可以了...

我先是build -crystal，就出来一个立方盒子，再把画好的分子复制粘贴到盒子里，就8个顶点都有小分子啦，但是Make P1一直是灰色的，不能用呢。
赞一下 回复此楼
12楼2013-07-23 12:00:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangjl712

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:06:02
引用回帖:
5楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-22 14:41:29
首先谢谢你哈！可以说的再具体点吗，怎么把分子放到盒子里头呢?...

将分子选中，按住shift，并向下按鼠标滚轮，移动鼠标就可以，而且工具里也有移动的图标啊
赞一下 回复此楼
14楼2013-07-28 20:54:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
微暗的小火苗7楼
2013-07-22 14:55   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 zlin610 的主题更新
141/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工272求调剂 +19 阿斯蒂芬2004 2026-03-28 19/950 2026-03-30 08:45 by 探123
[考研] 085600 286分 材料求调剂 +10 麻辣鱿鱼 2026-03-27 11/550 2026-03-29 21:52 by nanaliuyun
[考研] 一志愿华东师范大学有机化学专业，初试351分，复试被刷求调剂! +5 真名有冰 2026-03-29 6/300 2026-03-29 20:53 by 唐沐儿
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂 +10 芋泥小铃铛 2026-03-28 10/500 2026-03-29 20:51 by 无际的草原
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 283求调剂 +7 A child 2026-03-28 7/350 2026-03-28 12:05 by zllcz
[考研] 一志愿南京航空航天大学材料学硕求调剂 +3 @taotao 2026-03-28 3/150 2026-03-28 10:26 by JourneyLucky
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 086502化学工程342求调剂 +6 阿姨复古不过 2026-03-27 6/300 2026-03-28 07:06 by wangy0907
[考研] 292求调剂 +4 求求了收下我吧� 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:37 by zhshch
[考研] 351求调剂 +4 麦克阿磊 2026-03-24 4/200 2026-03-27 00:32 by wxiongid
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 0703化学求调剂 +3 丹青奶盖 2026-03-26 5/250 2026-03-26 20:11 by macy2011
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 303求调剂 +6 蓝山月 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:47 by 418490947
[考研] 机械学硕总分317求调剂！！！！ +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 生物学学硕求调剂 +7 小羊睡着了? 2026-03-23 10/500 2026-03-25 02:24 by 清风拂扬。 m
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
[考研] 一志愿山东大学药学学硕求调剂 +3 开开心心没烦恼 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:06 by 开开心心没烦恼
[考研] 材料/农业专业，07/08开头均可，过线就行 +3 呵唔哦豁 2026-03-23 4/200 2026-03-23 22:30 by 汪！？！
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭