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zlin610

金虫 (初入文坛)


[交流] 小分子转化为周期模型

最近在用castep做表面吸附,我想知道计算乙醛,氢气,乙醇等等这些小分子在金表面的吸附时,castep只能计算周期性模型,如何把乙醛,氢气,乙醇等等这些小分子转化为周期性模型来计算呢?请各位帮帮忙!
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fshadow

木虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zlin610: 金币+2, 恩恩,明白了。谢谢您! 2013-07-23 15:59:44
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-07-29 14:04:59
引用回帖:
12楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-23 12:00:52
我先是build -crystal,就出来一个立方盒子,再把画好的分子复制粘贴到盒子里,就8个顶点都有小分子啦,但是Make P1一直是灰色的,不能用呢。...

可能是我没表述清楚。。。做表面吸附先要分别优化你的催化剂模型和吸附分子模型。吸附分子模型优化就是新建一个文件,然后在里面构建吸附分子模型,具体就是可以建一个3维盒子,把吸附分子放于其定点,然后做castep构型优化(注意取消优化晶胞选项)。分子构型优化完以后,就可以把优化好的分子构型再放到催化剂表面(金属表面之前需要做一下弛豫)。不知道这样有没有说清楚。。。
13楼2013-07-23 12:07:21
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lq6865387

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-07-29 14:05:10
CASTEP帮助文件中有实例的  可以去学学   放到晶体上面 就可以吧
2楼2013-07-22 12:33:00
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fshadow

木虫 (小有名气)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-07-29 14:05:17
自己构建一个立方盒子,然后把你的分子放到盒子的一个顶点处,就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了,分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。
3楼2013-07-22 14:20:13
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zlin610

金虫 (初入文坛)


引用回帖:
2楼: Originally posted by lq6865387 at 2013-07-22 12:33:00
CASTEP帮助文件中有实例的  可以去学学   放到晶体上面 就可以吧

我要做的是表面吸附,要算吸附分子,金属表面及吸附体系,如何用castep算那些小分子,那些小分子本来不具有周期性呀?你说的castep中的例子,就是CO分子在Pd(110)表面的吸附吗?但是CO分子很小呀,我想算大点的分子,乙醛呀,丁烯醛之类的,怎么得到那些参数呢?
4楼2013-07-22 14:39:04
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