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zlin610

金虫 (初入文坛)

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[交流] 小分子转化为周期模型

最近在用castep做表面吸附，我想知道计算乙醛，氢气，乙醇等等这些小分子在金表面的吸附时，castep只能计算周期性模型，如何把乙醛，氢气，乙醇等等这些小分子转化为周期性模型来计算呢？请各位帮帮忙！

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1楼 2013-07-22 11:53:10

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fshadow

木虫 (小有名气)

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★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zlin610: 金币+2, 恩恩，明白了。谢谢您！ 2013-07-23 15:59:44
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:04:59

引用回帖:

12楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-23 12:00:52
我先是build -crystal，就出来一个立方盒子，再把画好的分子复制粘贴到盒子里，就8个顶点都有小分子啦，但是Make P1一直是灰色的，不能用呢。...

可能是我没表述清楚。。。做表面吸附先要分别优化你的催化剂模型和吸附分子模型。吸附分子模型优化就是新建一个文件，然后在里面构建吸附分子模型，具体就是可以建一个3维盒子，把吸附分子放于其定点，然后做castep构型优化（注意取消优化晶胞选项）。分子构型优化完以后，就可以把优化好的分子构型再放到催化剂表面（金属表面之前需要做一下弛豫）。不知道这样有没有说清楚。。。