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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求自由能，用NAMD软件
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xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] 求自由能，用NAMD软件

体系有20275原子，除去水还有3340个原子，我想计算体系的自由能，用什么方法求呢？PMF, FEP，ABF??
他们三个方法都适合什么样子的体系？
比如说FEP，在教程中，都是小分子改变位置，在我的体系用，有很多原子改变了位置，可以用这种方法吗？
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1楼 2013-07-08 17:27:42
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-07-08 20:58:18
计算体系的自由能？貌似只能计算某个过程的自由能吧
PMF不是一种方法 是自由能曲线的意思
没看到你的体系谁也无法告诉你该用什么方法啊

体系是碳纳米管吸附蛋白质！
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3楼2013-07-08 21:01:06
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2013-07-08 22:24:56
xingyanfei: 金币+1, ★有帮助 2013-07-09 09:43:09
计算体系的自由能？貌似只能计算某个过程的自由能吧
PMF不是一种方法 是自由能曲线的意思
没看到你的体系谁也无法告诉你该用什么方法啊
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-07-08 20:58:18
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