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真菌DNA提取测序的一些问题
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最近想对一株筛选到的真菌测序鉴定下，以前也没做过分子方面的实验，想请教前辈们几个问题: 1.提取DNA时用的样品应该用什么，是用摇瓶里的菌丝体还是平板上的菌落（平板上的菌落上有孢子，会对提取有什么影响吗）？ 2.我看了下生工的试剂盒，一种是只有Buffer Digestion，Buffer PF，TE Buffer的DNA抽提试剂盒，还一种是Ezup柱式DNA抽提试剂盒（有纯化套件，Buffer Digestion，Buffer PF，Buffer BD，PW Solution，Wash Solution，TE Buffer，Proteinase K），应该买哪一种试剂盒？ 3.18S rDNA的通用引物NS1/NS8也是在生工合成吗？ 4.用做细菌的PCR反应体系有关系吗？ 5.PCR完后可以直接送去测序吗？我看了下论坛上的贴，ITS方法测序貌似和PCR产物直接测序没什么差别是吗？  望各位前辈赐教 |
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王之御魂(myprayer代发): 金币+3, 回答很好，perfect 2013-07-08 17:37:33
王之御魂: 金币+50, ★★★很有帮助 2013-07-09 08:54:30
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1：一般将菌种接种到液体培养基上扩大培养得到的菌液去抽提基因组DNA; 2：试剂盒都么有什么太大的问题只要你能得到比较纯的基因组DNA; 3：18S引物都可以在生工合成； 4：PCR体系有细菌的也行的，同一扩增体系我都同时做16S/18S,都没问题； 5: PCR产物一般大于20ng/ul就可以送测序了 |
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