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不同剪切体的鉴定？
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| 本人，在克隆一个基因的cDNA的同时，发现两个这个基因的剪切体，现在得到这两个不同剪切体的序列。其中都是内含子滞留，现在对这两个序列进行分析.用NCBI，ORF Finder寻找ORF，发现ORF断断续续的，而且ORF都比较短。现在不知道如何分析这两个序列是否编码蛋白质。另外求助有关于不同剪切体如何翻译到蛋白质的。 |
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lmcyjxs
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
cnb1987(kx444555代发): 金币+5, 鼓励交流 2013-07-06 17:20:36
gyesang: MolEPI+1, 很好！ 2013-08-04 00:44:39
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cnb1987(kx444555代发): 金币+5, 鼓励交流 2013-07-06 17:20:36
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如果你是用RNA反转录得到cDNA后扩增还得到带内含子的序列，那么建议你做两点试试：1 设计跨内含子的引物重新从扩增；2 RNA中可能有DNA污染，建议用DNA消化酶消化一下，再反转录扩增，或者用一些本身有DNAase I试剂的RT-PCR试剂盒，在反转录时直接加入，方便、简单、快捷。因为往往你去DNA时，对你的样品又是一损失，可咨询下宝生物的技术人员，那里有相关的试剂盒。 估计你扩增得到的序列比你用来设计引物的模版序列长吧？当你去掉内含子后，或许你会发现，匹配度很高。含有内含子，往往就会出现有TGA等终止密码子，因此，你分析的ORF是断续的。 如果你的剪切体是包含有完整的CDS，那么当你的剪切体去掉内含子后，把它翻译成蛋白，直接在蛋白数据库里去比对，你可以大致知道蛋白的功能。 |
2楼2013-07-06 15:41:02
3楼2013-08-03 16:18:40
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