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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

[求助] 求助酶的Kcat 计算!

求助Kcat 计算!
我用终浓度为100nM 纯酶(分子量440KDa)对一类底物进行动力学测定,比活力为68U/mg, 通过双曲线法得到底物的km值为0.2 mM, Vmax为40.22 mM/min,我用常用的公式计算酶对该底物的Kcat=Vmax/[E],结果好象不对!!!搞了好长时间,越来越糊涂了,请高手支招呀,谢谢!Kcat 应该得多少呢,应该如何计算呢?

[ Last edited by nnxqwei on 2013-7-3 at 15:30 ]
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水穷云起时

新虫 (初入文坛)

我最近也在研究酶
耐得住寂寞,才能守得住繁华
2楼2013-07-04 11:47:09
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qqxs

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
silicare: 金币+2 2013-07-04 15:42:12
我觉得你是不是单位换算有点问题,蛋白浓度100nM是指100 nmol/kg吗?Vmax值40.22mM/min是40 mmol/ min.kg吗?这两个单位查了10^6倍,一定是哪一个弄错了。
3楼2013-07-04 12:38:00
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by qqxs at 2013-07-04 12:38:00
我觉得你是不是单位换算有点问题,蛋白浓度100nM是指100 nmol/kg吗?Vmax值40.22mM/min是40 mmol/ min.kg吗?这两个单位查了10^6倍,一定是哪一个弄错了。

谢谢参与讨论!蛋白浓度100nM,为酶反应的摩尔终浓度。Vmax值40.22mM/min即为每分钟有40.22mM的产物生成呀。100nM的酶能在1 min之内能转化生成42.22mM的产物。
4楼2013-07-04 19:17:35
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
137167741: 金币+2, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-06 14:00:12
nnxqwei: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-23 21:06:15
以Lineweaver-Burk双倒数作图最常用,测定和计算简便,也比较准确。 将米-曼氏方程进行倒数处理,得下列方程: 以1/V0为纵坐标,1/[S]为横坐标作图可得一直线。纵轴截距为1/Vmax,斜率为Km/Vmax,横轴截距为-1/Km。举例 1/V = 240.5 + 577.2 x  1/[S] , Vmax is 1/240.5 = 0.00416 ,  Km = 0.00416 x 577.2 = 2.40 。
” 100nM 纯酶(分子量440KDa)对一类底物进行动力学测定,比活力为68U/mg “,100nM*440000 (ng/L)=44000 000/1000 000 (mg/L)=44 (mg/L) ,计算得酶浓度时44mg/L 。 68U/mg*44mg/L=2992U/L=2.992u/ml ,计算得到比酶活是2.992u/ml,约3u/ml。不知道酶活是如何定义的,如果提供的信息、数据更多,更好确定。

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为什么
5楼2013-07-06 11:55:06
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 547star at 2013-07-06 11:55:06
以Lineweaver-Burk双倒数作图最常用,测定和计算简便,也比较准确。 将米-曼氏方程进行倒数处理,得下列方程: 以1/V0为纵坐标,1/为横坐标作图可得一直线。纵轴截距为1/Vmax,斜率为Km/Vmax,横轴截距为-1/Km。举例 ...

谢谢回复交流!酶活单位定义为:每分钟转化生成1uM的产物时为酶的一个活力单位。
6楼2013-07-06 17:22:03
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547star

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by nnxqwei at 2013-07-04 19:17:35
谢谢参与讨论!蛋白浓度100nM,为酶反应的摩尔终浓度。Vmax值40.22mM/min即为每分钟有40.22mM的产物生成呀。100nM的酶能在1 min之内能转化生成42.22mM的产物。...

按道理根据"100nM的酶能在1 min之内能转化生成42.22mM的产物。"就可以计算出kcat是422200/min了吧。但我觉得我前面计算,酶的浓度大约是44mg/L太高了,可能影响测定结果。
为什么
7楼2013-09-12 12:15:59
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
nnxqwei: 金币+10, ★★★很有帮助, 很有参考意义! 2013-09-21 16:37:42
Kcat是用Vmax算出来的,而Vmax显然是外推得到的。而米氏方程完成的条件是在测定过程中底物浓度变化不大,在底物浓度太低时,由于底物的量少,变化率可能较大加上系统的波动(导致不准)而底物浓度太高,速度太快,导致初速度测不准。这样就使得有效数据受两端数据影响很大。所以有时推出的Vmax显得匪夷所思,其实是很正常的。
楼主的计算没有问题,不过0.1uM的酶浓度可能偏高,估计测得的Vmax可能偏低。。kcat可以用s-1表示422200/60=7036.666667s-1。kcat/Km=3,5183,333.33M-1* S-1.应该在合理范围。
8楼2013-09-13 11:13:17
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赵鸿雁

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-13 11:13:17
Kcat是用Vmax算出来的,而Vmax显然是外推得到的。而米氏方程完成的条件是在测定过程中底物浓度变化不大,在底物浓度太低时,由于底物的量少,变化率可能较大加上系统的波动(导致不准)而底物浓度太高,速度太快,导 ...

特别想知道这个kcat是怎么计算出来的
勤学如春起之苗,不见其增,日有所长;辍学如磨刀之石,不见其损,日有所亏。
9楼2015-09-09 22:03:10
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