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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 小分子top获得方法
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huyingdamon

银虫 (小有名气)

[求助] 小分子top获得方法

我做gromas模拟，现在要得到诸如甲基丙烯酸，吡啶之类小分子的top文件，该如何得到？前段时间我是通过画出他们的分子式，得到pdb结构然后复制到frodrg网站在线获得top文件，不过这种方式得到的top文件中电荷组及电荷都不准，怎么解决这个问题啊？还有如果就用proidrg得到的top，不做修改直接用于模拟，这样可以吗？
   谢谢大家了
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1楼 2013-07-02 16:28:44
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469187892

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
huyingdamon: 金币+5, ★有帮助 2013-07-12 12:13:25
电荷可以用guassian 算一下 写到top文件里就可以了
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加油！
3楼2013-07-11 10:17:34
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
怎么没人帮我呢 自己顶一下吧
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2楼2013-07-08 15:53:33
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 469187892 at 2013-07-11 10:17:34
电荷可以用guassian 算一下 写到top文件里就可以了

谢谢啊，不过我希望能够详细点
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4楼2013-07-12 12:14:12
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469187892

银虫 (小有名气)
就是你把GUASSIAN算好的电荷，写到top文件中的相应的原子位置，替换prodrg生成的电荷
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加油！
5楼2013-07-15 21:16:41
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