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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请问如何筛选出我需要的基因？
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pxyboy

金虫 (小有名气)

[求助] 请问如何筛选出我需要的基因？

目前课题遇到了难题，请各位虫友帮忙出出主意，谢谢！

已知：某种细菌基因组（全基因组已测序）上的a基因表达一种A’多肽前体，A’多肽前体经剪切两端部分片段后成为有生物学活性的A多肽，A多肽跟基因组上b基因表达的B蛋白能够特异性的结合发挥功能。目前从其他细菌已有的研究看，a基因和b基因通常在细菌基因组上挨着或者相隔很近。而且现在我也已经在该细菌的基因组上定位到了b基因，但是在基因组上b基因附近的几个基因都未标记功能，我如何能准确的定位出我的a基因到底是哪段？

我初步想法是，先对已定位的b基因，推导出其aa序列并预测其空间结构，然后对b基因附近的几个疑似基因，也推导其aa序列并预测空间结构，从空间结构上看哪段序列与b基因的蛋白质序列能够互补上，通过这种方式来筛选出我要的基因，这种方式可行吗？请各位虫友指教。谢谢！
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1楼 2013-06-29 19:15:47
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-29 23:16:55
a基因及其蛋白的特点是a蛋白与b蛋白结合，所以，直接表达预测的基因，检测是否与b蛋白结合；或者用b蛋白钓与之结合的a蛋白，然后测序。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-06-29 21:32:49
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pxyboy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaodahe at 2013-06-29 21:32:49
a基因及其蛋白的特点是a蛋白与b蛋白结合，所以，直接表达预测的基因，检测是否与b蛋白结合；或者用b蛋白钓与之结合的a蛋白，然后测序。

如何用b蛋白钓与之结合的a蛋白？有具体方法吗？
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3楼2013-06-30 09:36:58
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
pxyboy(myprayer代发): 金币+1, 有道理 2013-06-30 15:40:18
酵母双杂交吧，是比较经典的。或者在体外可能也能，具体我也没做过。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2013-06-30 15:18:36
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小乖_1990

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-30 16:22:31
做蛋白质互作，进行文库筛选，酵母双杂构建cDNA文库找吧，估计能找到。你可以查查蛋白质互作的几种实验方法，各有优缺点，一般像我们验证两种蛋白质结合，至少要用两种才行。
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走自己的路，让别人羡慕嫉妒恨去吧！！！
5楼2013-06-30 16:13:36
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