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urbest

金虫 (正式写手)

[求助] 求助——质粒构建问题

事情是这样的,我最近在构建一个质粒,将一个DNA片段使用引物扩增后,DNA和质粒均做双酶切,T4连接,转化、图板、挑克隆、摇菌、抽质粒。

我将质粒作为模板,使用引物扩增,某些质粒可以扩出目的条带,将PCR产物测序,得到正确的序列。

然后我吸取5ul阳性质粒的菌液,放入5ml LB培养基+氨苄,重新摇菌抽质粒,这次直接拿质粒测序,结果测序结果杂乱无比,全是杂峰。

然后我就用上次抽出来的测序正确的质粒重新转化、图板、挑克隆、摇菌,抽质粒,得到的质粒再次进行PCR,多次均未得到目的条带,只有几千bp那里有条带。应该不是PCR技术的问题,因为我拿第一次的质粒做了阳性对照,可以P出来。

难道拿正确的质粒重新转化,再挑克隆出来的质粒,跟老质粒会不一样吗?或者干脆就是杂菌?我加了氨苄了啊。

我现在应该怎么办?拿第一次的菌板出来重新挑克隆,还是从头开始重新构建质粒,或者有什么别的办法?

这到底是怎么回事,真心求指导。

[ Last edited by 1949stone on 2013-6-25 at 12:25 ]
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shanqian1988

铜虫 (小有名气)


urbest(myprayer代发): 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-25 16:58:56
最好别用PCR产物测序呀,最好用质粒测序的,阳性质粒鉴定的时候就用双酶切鉴定吧
2楼2013-06-25 12:35:04
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普通回帖

dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
urbest(myprayer代发): 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-25 16:58:45
urbest: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-07-04 12:06:02
gyesang: 回帖置顶 2013-07-30 15:50:43
首先一点就是,你扩增出目的条带后,送测序的不应该是PCR产物。
我建议的步骤是:
1,将DNA片段使用引物扩增后,DNA和质粒均做双酶切,T4连接,转化、涂板。
2,做菌落PCR,跑胶后,眺取有目的条带的菌落放入5ml LB培养基+氨苄,提质粒。(如果菌落太小,可以直接多挑一些单菌落,直接摇5ml LB培养基+氨苄,之后做菌液PCR)
3,如果觉得不放心,可以将提出来的质粒作为模板,做质粒PCR。
4,送测序。
3楼2013-06-25 14:10:35
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
urbest: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-07-04 12:06:30
你的克隆不纯,用最开始的涂布或划线挑单菌落再验证一次吧。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2013-06-25 21:30:18
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misslff

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
urbest: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-07-04 12:11:13
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-04 12:18:05
gyesang: 回帖置顶 2013-07-30 15:50:37
建议:
1. PCR 扩增目的条带,连接到T载体上,转化涂板,挑单克隆,PCR检测有目的条带的单克隆挑选出来测序。
2. 用测序正确的单克隆,摇菌,提质粒
3. 将2中的质粒、目的载体分别双酶切(确保该酶切位点在T载体和目标载体中不存在)
4. 电泳回收目的条带(包括目的产物和载体),进行连接
5. 转化、涂板,PCR检测是否有目的条带后,送出测序。
按这个程序走,一般都会拿到想要的结果。
5楼2013-07-04 11:26:00
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urbest

金虫 (正式写手)

拿第一次平板,重新挑了10个单克隆,摇菌、抽质粒,PCR,有四个在目的条带位置发现条带,送质粒测序,结果全是空质粒……
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6楼2013-07-04 12:16:30
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---vivian---

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

或许可以用划线的菌做菌落pcr,还用之前扩目的条带的两个引物,若扩出目的条带,再摇菌提质粒;若没有,重新构建载体,转化。
QQ1481397330
7楼2013-07-30 11:06:16
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duoyidian

木虫 (正式写手)

这个问题同样困扰我
8楼2013-07-30 14:35:41
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urbest

金虫 (正式写手)

现在的问题是做了转化死活不长斑

阳性对照是有斑的。
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9楼2013-07-31 08:31:19
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piggpi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-07-31 13:57:11
urbest: 金币+2 2013-08-02 11:13:21
不知楼主问题解决没有?
质粒测序全是杂峰可能就是污染了,质粒不纯。
但是如果菌落PCR有条带,测序确是空载,这个就很奇怪了,PCR存在污染的可能性比较大。
问题验证起来比较麻烦吧,如果PCR产物和原始质粒都不难获取的话,建议还是重新构建吧。
一定拿质粒测序就是。
在很久很久以前
10楼2013-07-31 11:16:39
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