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watyu123

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样用chem3D获取优化后的分子的pdb格式

想用autodock做分子对接,怎样用chem3D获取优化后的配体分子的pdb格式。注:我这类的分子从网站上拿不到, PRODRG2 Server上的一个用户只能用三次,比较麻烦。
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牛逼从勤奋开始
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勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)

5楼2017-04-17 20:51:55
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-24 17:41:31
chemidraw处理,把配体能量最小化优化,然后保存成mo2格式,用Autodock的图形界面处理保存成pdb格式,然后happy对接把
2楼2013-06-23 19:43:33
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watyu123

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-06-23 19:43:33
chemidraw处理,把配体能量最小化优化,然后保存成mo2格式,用Autodock的图形界面处理保存成pdb格式,然后happy对接把

谢谢,是mol2格式么?还有autodock打开的时候不就是要pdb格式的么?要怎么处理保存成pdb格式的呢?
牛逼从勤奋开始
3楼2013-06-23 20:29:11
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)



chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-06-25 09:23:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by watyu123 at 2013-06-23 20:29:11
谢谢,是mol2格式么?还有autodock打开的时候不就是要pdb格式的么?要怎么处理保存成pdb格式的呢?...

是mol2格式的,在autodock下面经过转换变成pdb格式即可
4楼2013-06-24 14:30:02
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