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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎样用chem3D获取优化后的分子的pdb格式
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watyu123

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样用chem3D获取优化后的分子的pdb格式

想用autodock做分子对接，怎样用chem3D获取优化后的配体分子的pdb格式。注：我这类的分子从网站上拿不到， PRODRG2 Server上的一个用户只能用三次，比较麻烦。
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牛逼从勤奋开始
1楼 2013-06-23 15:50:35
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-24 17:41:31
chemidraw处理，把配体能量最小化优化，然后保存成mo2格式，用Autodock的图形界面处理保存成pdb格式，然后happy对接把
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2楼2013-06-23 19:43:33
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watyu123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-06-23 19:43:33
chemidraw处理，把配体能量最小化优化，然后保存成mo2格式，用Autodock的图形界面处理保存成pdb格式，然后happy对接把

谢谢，是mol2格式么？还有autodock打开的时候不就是要pdb格式的么？要怎么处理保存成pdb格式的呢？
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牛逼从勤奋开始
3楼2013-06-23 20:29:11
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-06-25 09:23:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by watyu123 at 2013-06-23 20:29:11
谢谢，是mol2格式么？还有autodock打开的时候不就是要pdb格式的么？要怎么处理保存成pdb格式的呢？...

是mol2格式的，在autodock下面经过转换变成pdb格式即可
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4楼2013-06-24 14:30:02
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勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
同问，老实说丢失数据

发自小木虫IOS客户端
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5楼2017-04-17 20:51:55
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勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
chem3D保存为pdb或者mol2格式时就提示可能会丢失数据

发自小木虫IOS客户端
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6楼2017-04-17 20:52:52
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