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watyu123

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样用chem3D获取优化后的分子的pdb格式

想用autodock做分子对接,怎样用chem3D获取优化后的配体分子的pdb格式。注:我这类的分子从网站上拿不到, PRODRG2 Server上的一个用户只能用三次,比较麻烦。
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牛逼从勤奋开始
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watyu123

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-06-23 19:43:33
chemidraw处理,把配体能量最小化优化,然后保存成mo2格式,用Autodock的图形界面处理保存成pdb格式,然后happy对接把

谢谢,是mol2格式么?还有autodock打开的时候不就是要pdb格式的么?要怎么处理保存成pdb格式的呢?
牛逼从勤奋开始
3楼2013-06-23 20:29:11
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