应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎样用chem3D获取优化后的分子的pdb格式
61/1返回列表
查看: 2306  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

watyu123

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样用chem3D获取优化后的分子的pdb格式

想用autodock做分子对接，怎样用chem3D获取优化后的配体分子的pdb格式。注：我这类的分子从网站上拿不到， PRODRG2 Server上的一个用户只能用三次，比较麻烦。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
牛逼从勤奋开始
1楼 2013-06-23 15:50:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-24 17:41:31
chemidraw处理，把配体能量最小化优化，然后保存成mo2格式，用Autodock的图形界面处理保存成pdb格式，然后happy对接把
赞一下 回复此楼
2楼2013-06-23 19:43:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

watyu123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-06-23 19:43:33
chemidraw处理，把配体能量最小化优化，然后保存成mo2格式，用Autodock的图形界面处理保存成pdb格式，然后happy对接把

谢谢，是mol2格式么？还有autodock打开的时候不就是要pdb格式的么？要怎么处理保存成pdb格式的呢？
赞一下 回复此楼
牛逼从勤奋开始
3楼2013-06-23 20:29:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-06-25 09:23:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by watyu123 at 2013-06-23 20:29:11
谢谢，是mol2格式么？还有autodock打开的时候不就是要pdb格式的么？要怎么处理保存成pdb格式的呢？...

是mol2格式的，在autodock下面经过转换变成pdb格式即可
赞一下 回复此楼
4楼2013-06-24 14:30:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
同问，老实说丢失数据

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
5楼2017-04-17 20:51:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
chem3D保存为pdb或者mol2格式时就提示可能会丢失数据

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
6楼2017-04-17 20:52:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 watyu123 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +3 LZH（等待调剂中 2026-04-09 3/150 2026-04-09 21:29 by wutongshun
[考研] 080100力学316求调剂 +4 L_Hairui 2026-04-07 4/200 2026-04-09 21:17 by wutongshun
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +9 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-09 10/500 2026-04-09 20:01 by Orcid
[考研] 一志愿华工085600 331分 +6 天下ww 2026-04-09 6/300 2026-04-09 18:59 by l_paradox
[考研] 288求调剂 +11 代fish 2026-04-09 11/550 2026-04-09 17:59 by qluyyj
[考研] 调剂 +12 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 12/600 2026-04-09 16:14 by angeltong
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +8 bradoner 2026-04-08 9/450 2026-04-09 13:43 by only周
[考研] 调剂 +22 不逢春 2026-04-07 23/1150 2026-04-09 08:01 by Sammy2
[考研] 318求调剂 +13 ykyhsa 2026-04-05 15/750 2026-04-08 21:37 by wj165256
[考研] 298求调剂 +4 manman511 2026-04-05 4/200 2026-04-08 16:50 by tjzhao
[考研] 081700学硕，323分，一志愿中国海洋大学求调剂学校 +19 披星河 2026-04-04 19/950 2026-04-07 15:00 by 上岸快快
[考研] 080500求调剂 +12 黄宇博 2026-04-06 12/600 2026-04-07 12:41 by upczlm1989
[考研] 一志愿华中农业大学0710（A）初试329分 求调剂 +5 一名26考研生 2026-04-04 5/250 2026-04-07 08:54 by 18828373951
[考研] 22408 331分求调剂 +4 y__1 2026-04-06 4/200 2026-04-06 17:26 by 土木硕士招生
[考研] 调剂 一志愿吉林大学357分 +5 .Starry. 2026-04-04 5/250 2026-04-06 09:28 by cql1109
[考研] 08专硕275调剂 +5 AaAa7420 2026-04-05 5/250 2026-04-05 18:01 by jkddd
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[考研] 可跨专业调剂 +3 周的得地 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:21 by barlinike
[考研] 材料383求调剂 +5 郭阳阳阳成 2026-04-04 5/250 2026-04-04 19:06 by dongzh2009
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by AZMK
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭