最近在做硫酸盐还原菌（SRB）的基于氨基酸序列的系统发育树，参考文献中的方法遇到了疑惑。在序列的分析比对过程中，文献中经常出现相类似的一段话“For phylogenetic analyses, insertions and deletions were removed by using an alignment filter (Indel Filter), which left a total of XX amino acid positions”，这是什么意思？这个过程中是否需要用到什么软件操作呢？因为之前做的树都是基于核苷酸序列的，对氨基酸的不熟，后面的步骤基本类似，用clustal和mega处理即可，但是这一段始终不得要领，望牛人指导！！跪谢！
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