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飘雪3889

木虫 (小有名气)

[求助] 求教PCR引物设计的相关问题

要设计简并引物,求教各位的经验
实验目的是要从某真核微生物中找到酶的基因序列,再克隆表达。这个酶的基因序列未知,打算从其他物种里面的同种酶来设计简并引物。在选择上,是必须要从亲缘关系很近的物种找起吗?我这个酶所具有的催化效果,在真核微生物里面报道得不多,植物里面倒是很多见。另外,有哪些公司是专业设计这个的,麻烦大家多告诉我一下。
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飘雪3889

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by dafeizizhu at 2013-05-02 10:25:51
想要那到一个基因的序列,大多数情况是用RACE,想要通过一次PCR就得到,那RACE技术就可以退出了。在保守区设计简并引物,如上楼所述就行,要有多对,引物越多机会越大,5-6对挺好。买个takara  RACE就行了。前提是要 ...

若不是只找一个基因呢?找具有特定催化效果的多个基因。
4楼2013-05-02 19:32:07
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德国工兵铲

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
飘雪3889(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,鼓励应助,分子生物版块期待你的更多精彩。同样期待你更详细的应助指导。 2013-05-02 12:05:13
1,找到亲缘关系较近的其他真核生物(尽量多找)
2,去NCBI上查找这些真核生物,看看有没有你所需酶的基因序列
3,拿到这些真核生物酶的基因序列,在DNAMAN上比对,对照简并表,设计引物。


不过我以前做的片段太长了,简并引物扩不出来,后来还是现在保守序列那里设计特异性引物,然后做了RACE。
2楼2013-05-02 10:04:37
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dafeizizhu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,鼓励应助,分子生物版块期待你的更多精彩。同样期待你更详细的应助指导。 2013-05-02 12:05:24
想要那到一个基因的序列,大多数情况是用RACE,想要通过一次PCR就得到,那RACE技术就可以退出了。在保守区设计简并引物,如上楼所述就行,要有多对,引物越多机会越大,5-6对挺好。买个takara  RACE就行了。前提是要有好的RNA。

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3楼2013-05-02 10:25:51
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dafeizizhu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


飘雪3889(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-07 16:51:02
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘雪3889 at 2013-05-02 19:32:07
若不是只找一个基因呢?找具有特定催化效果的多个基因。...

那你是不是比较这些具有催化效果的多个基因的差别,或者是他们的多态性?如果是这样的话,我建议你看看我给你讲的第一个例子。这样只能在两端进行设计引物,不是很好找的,你可以从相关文献找找看,看是否有人设计过这类的引物,如果有现成的,那真是恭喜你了。
5楼2013-05-07 15:46:11
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