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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求教PCR引物设计的相关问题
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飘雪3889

木虫 (小有名气)

[求助] 求教PCR引物设计的相关问题

要设计简并引物，求教各位的经验
实验目的是要从某真核微生物中找到酶的基因序列，再克隆表达。这个酶的基因序列未知，打算从其他物种里面的同种酶来设计简并引物。在选择上，是必须要从亲缘关系很近的物种找起吗？我这个酶所具有的催化效果，在真核微生物里面报道得不多，植物里面倒是很多见。另外，有哪些公司是专业设计这个的，麻烦大家多告诉我一下。
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1楼 2013-05-01 23:17:37
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德国工兵铲

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
飘雪3889(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，鼓励应助，分子生物版块期待你的更多精彩。同样期待你更详细的应助指导。 2013-05-02 12:05:13
1，找到亲缘关系较近的其他真核生物（尽量多找）
2，去NCBI上查找这些真核生物，看看有没有你所需酶的基因序列
3，拿到这些真核生物酶的基因序列，在DNAMAN上比对，对照简并表，设计引物。


不过我以前做的片段太长了，简并引物扩不出来，后来还是现在保守序列那里设计特异性引物，然后做了RACE。
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2楼2013-05-02 10:04:37
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dafeizizhu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，鼓励应助，分子生物版块期待你的更多精彩。同样期待你更详细的应助指导。 2013-05-02 12:05:24
想要那到一个基因的序列，大多数情况是用RACE，想要通过一次PCR就得到，那RACE技术就可以退出了。在保守区设计简并引物，如上楼所述就行，要有多对，引物越多机会越大，5-6对挺好。买个takara  RACE就行了。前提是要有好的RNA。
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飘雪3889
3楼2013-05-02 10:25:51
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飘雪3889

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by dafeizizhu at 2013-05-02 10:25:51
想要那到一个基因的序列，大多数情况是用RACE，想要通过一次PCR就得到，那RACE技术就可以退出了。在保守区设计简并引物，如上楼所述就行，要有多对，引物越多机会越大，5-6对挺好。买个takara  RACE就行了。前提是要 ...

若不是只找一个基因呢？找具有特定催化效果的多个基因。
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4楼2013-05-02 19:32:07
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dafeizizhu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
飘雪3889(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-07 16:51:02
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘雪3889 at 2013-05-02 19:32:07
若不是只找一个基因呢？找具有特定催化效果的多个基因。...

那你是不是比较这些具有催化效果的多个基因的差别，或者是他们的多态性？如果是这样的话，我建议你看看我给你讲的第一个例子。这样只能在两端进行设计引物，不是很好找的，你可以从相关文献找找看，看是否有人设计过这类的引物，如果有现成的，那真是恭喜你了。
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5楼2013-05-07 15:46:11
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