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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 利用nvt系宗跑分子动力学遇到的问题
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xiaoke413

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 利用nvt系宗跑分子动力学遇到的问题

小弟在用nvt跑分子动力学时，设置的温度为常温298k，但是温度曲线并没有稳定，而是随模拟时间一直上升，直到计算结束。是温度控制算法的问题是其他什么原因，求各位大神指教~~~
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1楼 2013-04-14 22:14:39
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
很奇怪 结构都已经收敛了 按照ANDERSEN控制 温度怎么会一致上升 不会的呀
楼主 应该还是从结构入手 看看有没有出错
阻尼系数 应该是就是耦合频率吧 这个要自己试 不同值下 看看温度的变化情况
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9楼2013-04-17 00:44:08
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普通回帖

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoke413: 金币+1, 谢谢参与 2013-04-15 18:50:49
跑之前 结构有没有优化？
温度控制器是什么？
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2楼2013-04-15 17:23:52
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xiaoke413

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-04-15 17:23:52
跑之前 结构有没有优化？
温度控制器是什么？

谢谢您的关注~~~
跑之前结构优化了的，优化到收敛。我做的似乎有机分子的溶剂化模型，温度控制器是Andersen
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3楼2013-04-15 18:50:21
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liuqiang2270

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-16 08:55:30
时间是不是不够 加长一下模拟步数。。
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4楼2013-04-15 21:39:21
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-16 14:05:35
你设置一下阻尼系数就好了
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5楼2013-04-16 10:02:13
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xiaoke413

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yangwenbin99 at 2013-04-16 10:02:13
你设置一下阻尼系数就好了

您好，请问您说的这个阻尼系数在哪里设置啊？
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6楼2013-04-16 15:15:16
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xiaoke413

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-15 21:39:21
时间是不是不够 加长一下模拟步数。。

不是时间的问题，我用的时间是400ps的，温度一直在上升，到最后都有800+ K了，而我要的就是常温就行
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7楼2013-04-16 15:17:04
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yangqi1105

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我在想回帖能不能拿到金币
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8楼2013-04-16 19:18:28
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
xiaoke413: 金币+1, ★★★★★最佳答案, 好的，谢谢，我去试试 看 2013-04-17 10:02:33
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaoke413 at 2013-04-16 15:15:16
您好，请问您说的这个阻尼系数在哪里设置啊？...

你把Q  ratio改为0.01试试
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10楼2013-04-17 08:43:00
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