| 查看: 4084 | 回复: 19 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
NPT系综动力学已有1人参与
|
||
|
请教下有关NPT系综的问题，我建的体系是纳米金球和多糖的相互作用体系，纳米金球在盒子的中心，盒子内物质均未固定，盒子初始大小（80A,80A,80A），在采用NPT系综退火后盒子大小变为（77A,77A,77A）,接下来进行了3ns的NPT动力学，压力1atm，温度298K，结果见下图，盒子变得很小，为（45A,45A,45A）,并且多 糖跑到盒子外边去了，是模型建的有问题吗？NPT系综平衡的标志是什么啊？是不是体系大小不再变化啊？盒子为什么会变小啊？ 多糖聚合物分子量很大，像这样用几个重复单元代替是不是有意义的？ 在动力学的过程中观察到金球形状发生了变化，是否需要将金球固定？ 根据水的密度和盒子内空余体积计算应加入16968个水分子，采用sorption加入16968个水分子后采用Discover进行动力学模拟是否可行？  initial.jpg  anneal result.jpg  3ns NPT result.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
博士读完未来一定会好吗
已经有6人回复
-
小论文投稿
已经有3人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有9人回复
-
心脉受损
已经有3人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有8人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
MS程序的forcite模块中不同约束差别太大是怎么回事？
已经有22人回复- 径向分布函数的问题
已经有13人回复
- 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级
已经有16人回复
- 跑动力学密度越跑越大了？？？？？
已经有8人回复
- MS discover dynanic报错
已经有10人回复
- 第一原理动力学的系综选择，和各种系综的输入文件Example
已经有13人回复
- nvt系综，系统总能量震荡厉害
已经有9人回复
- 【求助】VASP做分子动力学模拟NVT系综下为啥内能竟然是升高的？
已经有8人回复
- 动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图？
已经有9人回复
- 【原创】EMASS是CPMD最重要的参数
已经有20人回复
- 【求助】NPT分子动力学程序
已经有5人回复
- 【讨论】系综问题
已经有32人回复
- 【讨论】关于md中系统稳定的问题
已经有10人回复
- 【求助】分子动力学中体系温度不断增加?
已经有16人回复
- 【求助】分子模拟总能量是否一定小于0？
已经有13人回复
3楼2013-04-08 22:07:41
stalart
木虫 (正式写手)
- 应助: 284 (大学生)
- 金币: 1541.4
- 红花: 9
- 帖子: 488
- 在线: 129小时
- 虫号: 1986267
- 注册: 2012-09-09
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-04-08 20:54:58
stalart
木虫 (正式写手)
- 应助: 284 (大学生)
- 金币: 1541.4
- 红花: 9
- 帖子: 488
- 在线: 129小时
- 虫号: 1986267
- 注册: 2012-09-09
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-04-09 05:19:55
6楼2013-04-09 08:47:46