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小木虫于金虫 (正式写手)
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siesta并行计算出错
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我用ifort11+mvapich2并行编译siesta-3.2成功了，在arch.make中加入了DUMMY_FOX=--enable-dummy。并行计算时能运行很多步，但是总是在中途停止，出现错误： forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred Image PC Routine Line Source siesta 00000000008E320F Unknown Unknown Unknown libpthread.so.0 000000315820EB10 Unknown Unknown Unknown siesta 00000000008E31EB Unknown Unknown Unknown libpthread.so.0 000000315820EB10 Unknown Unknown Unknown ===================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = EXIT CODE: 44544 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES ===================================================================================== 谁有解决办法。 |
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2楼2013-04-05 13:27:42
小木虫于
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# # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996- . # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-gnu--ifort11+mvapich2 FPP= FPP_OUTPUT= FC=/data3/home/yugd/mvapich2/bin/mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) DUMMY_FOX=--enable-dummy FFLAGS=-O2 -mkl=parallel FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= MKL_PATH=$(MKLROOT)/lib/em64t BLAS_LIBS=/data3/home/yugd/intel/Compiler/11.1/072/mkl/interfaces/blas95/lib/em64t/libmkl_blas95_lp64.a LAPACK_LIBS=/data3/home/yugd/intel/Compiler/11.1/072/mkl/interfaces/lapack95/lib/em64t/libmkl_lapack95_lp64.a BLACS_LIBS=$(MKL_PATH)/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a SCALAPACK_LIBS= $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a COMP_LIBS= NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) -L/data3/home/yugd/intel/Compiler/11.1/072/mkl/lib/em64t -lmkl_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lguide -limf #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/data3/home/yugd/mvapich2/include #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< 你好，这是我的arch.make，多谢帮我看一下问题在哪。能把你用ifort13+opimei1.6的arch.make发给我一份么，yugd0611@mails.jlu.edu.cn，多谢。 |
3楼2013-04-05 14:42:11
小木虫于4楼2013-04-05 14:46:59
小木虫于
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