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星愿9997

银虫 (小有名气)

[求助] 求助用siesta计算COHP

因为我一直用vasp计算的，只是想用siesta补算COHP性质，所以对siesta这个软件不太了解，诚恳希望大家能够帮忙！
我现在设置基本按照例子中的基本设置设的，COHP是用siesta算完再用mprop这个程序算的。可做出的COHP图和用vasp做的DOS图差太多，根本对不上。。想问问是什么原因。我的输入文件是否有问题。
我的输入文件fdf是：
SystemName       I4/mcm K3ZnH5 GGA   # Descriptive name of the system
SystemLabel            K3ZnH5

# Species and atoms

NumberOfSpecies        3      
NumberOfAtoms          36      
%block ChemicalSpeciesLabel
    1    1  H
    2   19  K
    3   30  Zn
%endblock ChemicalSpeciesLabel

COOP.Write T
#WFS.EnergyMax 10.0 eV
####Diag.ParallelOverK T

# Basis

PAO.EnergyShift        0.137 eV
PAO.BasisSize          DZP
#PAO.BasisType          split
#PAO.SplitNorm         0.150000

LatticeConstant       1.0 Ang  

%block LatticeVectors         
7.612020   0.000000   0.000000
0.000000   7.612020   0.000000
0.000000   0.000000  11.213250
%endblock LatticeVectors

MeshCutoff          100.000000 Ry

xc.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE           # Exchange-correlation version

SpinPolarized         False          # Logical parameters are: yes or no

MeshCutoff           150. Ry        # Mesh cutoff. real space mesh

# SCF options
MaxSCFIterations       40           # Maximum number of SCF iter
DM.MixingWeight       0.1           # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-3         # Tolerance in maximum difference
                                    # between input and output DM
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
DM.NumberBroyden        3           # Broyden mixing

SolutionMethod        diagon        # OrderN or Diagon
#ElectronicTemperature  25meV       # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun           cg           # Type of dynamics:
MD.NumCGsteps           0           # Number of CG steps for

AtomicCoordinatesFormat     Fractional   
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.1242926376500364  0.6242926376500364  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.3757073623499636  0.1617964752489627  1
  0.3757073623499636  0.1242926376500364  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.6242926376500364  0.6617964752489627  1
  0.6242926376500364  0.8757073623499636  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.6242926376500364  0.3382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.3757073623499636  0.3382035247510373  1
  0.6242926376500364  0.1242926376500364  0.3382035247510373  1
  0.3757073623499636  0.8757073623499636  0.3382035247510373  1
  0.8757073623499636  0.3757073623499636  0.8382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.6242926376500364  0.8382035247510373  1
  0.6242926376500364  0.8757073623499636  0.8382035247510373  1
  0.3757073623499636  0.1242926376500364  0.8382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.3757073623499636  0.6617964752489627  1
  0.3757073623499636  0.8757073623499636  0.6617964752489627  1
  0.6242926376500364  0.1242926376500364  0.6617964752489627  1
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000  1
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000  1
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000  1
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000  1
  0.6809470143038610  0.1809470143038610  0.0000000000000000  2
  0.3190529856961390  0.8190529856961390  0.0000000000000000  2
  0.8190529856961390  0.6809470143038610  0.0000000000000000  2
  0.1809470143038610  0.3190529856961390  0.0000000000000000  2
  0.6809470143038610  0.8190529856961390  0.5000000000000000  2
  0.3190529856961390  0.1809470143038610  0.5000000000000000  2
  0.1809470143038610  0.6809470143038610  0.5000000000000000  2
  0.8190529856961390  0.3190529856961390  0.5000000000000000  2
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.2500000000000000  2
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.7500000000000000  2
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.7500000000000000  2
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.2500000000000000  2
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.2500000000000000  3
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.2500000000000000  3
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.7500000000000000  3
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.7500000000000000  3
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
下面是用siesta做的COHP和vasp做的DOS图。

COHP



DOS
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1楼 2012-09-11 14:59:59
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-13 10:25:14
没用过siesta，既然既然能做COHP，一定是原子轨道做基，而VASP是平面波，有差异很正常，主要是能量位置对不上......
建议你DOS也拿SIESTA做，这样就应该对上了
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5楼2012-09-12 10:04:59
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普通回帖

xyzzz986

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢提示 2012-09-13 10:25:01
能量0点是否对齐了?
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2楼2012-09-11 15:34:46
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星愿9997

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xyzzz986 at 2012-09-11 15:34:46
能量0点是否对齐了?

额，可能没有。。怎么设置对齐呢？
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3楼2012-09-11 15:45:34
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星愿9997

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xyzzz986 at 2012-09-11 15:34:46
能量0点是否对齐了?

还想问一下，我的输入文件其他设置可以吗？
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4楼2012-09-11 15:51:12
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星愿9997

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-12 10:04:59
没用过siesta，既然既然能做COHP，一定是原子轨道做基，而VASP是平面波，有差异很正常，主要是能量位置对不上......
建议你DOS也拿SIESTA做，这样就应该对上了

主要是我文章都是用vasp做的，是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢
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6楼2012-09-12 10:43:44
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 星愿9997 at 2012-09-12 10:43:44
主要是我文章都是用vasp做的，是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢...

难道审稿人不知道VASP不能算COHP吗？
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7楼2012-09-12 10:54:45
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 星愿9997 at 2012-09-12 10:43:44
主要是我文章都是用vasp做的，是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢...

此前德国有个组在弄VASP的COHP，发了一篇文章，将平面波投影到原子轨道上，然后COHP，但结果也不十分理想。
参见：http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp202489s
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8楼2012-09-12 10:58:43
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hakuna

木虫 (知名作家)
储氢的怎么都喜欢COOP/COHP?有什么特别吗？用VASP的大多就是优化一下结构，然后用其他软件算电子结构
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9楼2012-09-12 11:03:43
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星愿9997

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-12 11:03:43
储氢的怎么都喜欢COOP/COHP?有什么特别吗？用VASP的大多就是优化一下结构，然后用其他软件算电子结构

对呀， 我也很郁闷，以前都没听过COHP图的，可是审稿人让做，估计他是做这方面的吧，唉，才只好现学siesta。COHP可能显示成键比较清晰吧。
    用siesta的人太少了，想问一下都没人可以问。
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10楼2012-09-12 11:52:26
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