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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta如何让固定衬底？
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】siesta如何让固定衬底？已有7人参与

在计算多层的surface的时候，常常会固定除表层外的其他层面，请问在固定的过程中是，直接固定每层的每个原子就可以吗？
比如说，我一共要算4层的，但是要固定底下面的3层。我把每个原子都固定住了，如下：
%block GeometryConstraints
Position 1
position from 3 to 5
position from 5 to 9
position from 11 to 13
position from 15 to 17
position from 19 to 21
position from 23 to 25
position from 27 to 29
position from 31 to 33
position from 35 to 36
%endblock GeometryConstraints

这样的固定方法正确。
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1楼2010-01-19 09:36:21
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

siesta如何让固定衬底？

★ ★ ★
minmin_0082003(金币+1):谢谢参与
ice_rain(金币+2):xiexie!~ 2010-03-24 21:42
你的这种方法可行@
还有一种方法，就是使用zmtrix,如下：
%block Zmatrix                                                               
cartesian                                                                     
4     0.832500     1.441900     0.070000    0    0    0                       
4     0.832500     4.325700     0.070000    0    0    0                       
4     0.832500     7.209500     0.070000    0    0    0                       
4     3.329900     0.000000     0.070000    0    0    0                       
4     3.329900     2.883800     0.070000    0    0    0                       
4     3.329900     5.767600     0.070000    0    0    0                       
4     5.827400    -1.441900     0.070000    0    0    0                       
4     5.827400     1.441900     0.070000    0    0    0                       
4     5.827400     4.325700     0.070000    0    0    0                       
1     3.602290     1.731278     6.212320    1    1    1                     
1     3.319832     2.314888     7.483680    1    1    1                       
1     2.095981     1.995008     8.160953    1    1    1                       
1     1.179880     1.055287     7.579063    1    1    1                       
1     1.463109     0.470284     6.307043    1    1    1                       
1     2.686364     0.792157     5.629784    1    1    1                       
2     4.560824     2.006388     5.644557    1    1    1                       
2     4.060912     3.044923     7.962504    1    1    1                       
2     0.218799     0.778868     8.141618    1    1    1                       
2     0.720051    -0.260182     5.831012    1    1    1                       
2     2.264637     3.524194     9.544223    1    1    1                       
2     0.774280     2.665518     9.602215    1    1    1                       
2     4.021096     0.084236     4.221899    1    1    1                       
2     2.491712    -0.710195     4.216641    1    1    1                       
3     1.840356     2.531978     9.498710    0    0    1                       
3     2.958183     0.262423     4.292613    0    0    1                     
4     2.438337     1.576108     2.385995    0    0    1                       
4     2.578104     1.329674    11.405459    0    0    1                       
4     1.665000     0.000000    13.722500    0    0    0                     
4     1.665000     2.883800    13.722500    0    0    0                       
4     1.665000     5.767600    13.722500    0    0    0                     
4     4.162400    -1.441900    13.722500    0    0    0                     
4     4.162400     1.441900    13.722500    0    0    0                     
4     4.162400     4.325700    13.722500    0    0    0                       
4     6.659800    -2.883800    13.722500    0    0    0                     
4     6.659800     0.000000    13.722500    0    0    0                       
4     6.659800     2.883800    13.722500    0    0    0                       
%endblock Zmatrix            
第一列是元素序号，后面三列是相应的原子的cartesian坐标，后面的0表示固定相应的自由度，1表示放开相应的自由度！这个你可以从手册找到！我用过这种固定方法，并且，还可以加限制！
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弘德明志博学笃行
2楼2010-03-24 11:33:14
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
qasd(金币+2):xiexie 2010-04-10 20:00
你可以参考一下seista-3.0-b的manual的第33-34页！
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
3楼2010-03-24 13:55:39
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lionz

银虫 (初入文坛)
minmin_0082003(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币-1):禁止无意义回帖，扣回所得 2010-05-09 18:33:25
Thanks Zhangguangping
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4楼2010-04-09 10:38:46
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fengshiquan

铁杆木虫 (正式写手)
minmin_0082003(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币-1):禁止无意义回帖，扣回所得 2010-05-09 18:33:16
呵呵，学习了
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5楼2010-05-09 11:22:17
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yb2006

铁杆木虫 (正式写手)
★
minmin_0082003(金币+1):谢谢参与
你这样写是对的，但我通常是把要固定的原子坐标移了靠在一起，只写一个from...to...就行了。。。
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6楼2010-05-09 21:30:44
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wangsong1016

铜虫 (初入文坛)
★
minmin_0082003(金币+1):谢谢参与
请问一下，你的输入文件中有
position from 3 to 5
position from 5 to 9
这里不能写成position from 3 to 9 吗？还是笔误
问题很初级，还望指教，谢谢！
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7楼2010-05-09 22:44:59
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哥是传说

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-03-24 13:55:39:
你可以参考一下seista-3.0-b的manual的第33-34页！

我看到做结构优化的时候，用CG方法可以指定压强，但就是不知道能不能指定温度，比如说我想在0压下400K温度的条件下，作结构优化，siesta能不能实现这个？
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8楼2011-03-28 20:06:16
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qiqi2926

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-03-24 11:33:14:
你的这种方法可行@
还有一种方法，就是使用zmtrix,如下：
%block Zmatrix                                                               
cartesian                                                     ...

老大。您好。等不到您的回复，只能在别人的帖子里堵了。
计算总能时出现：
WARNING: Minimum split_norm parameter:  0.16025. Will not be able to generate orbital with split_norm =  0.15000

0.15是默认值。。。此时是否应将PAO.SplitNorm改大一些？会对计算精确性产生影响吗？
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9楼2011-03-28 21:38:16
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北极苍狼

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我是用MS建的模型，请问第二种方法中的笛卡尔坐标系就是MS导出的直角坐标系吗，为什么我用siesta计算时结果会先给出笛卡尔坐标系，再给出直角坐标系，并且还不一样
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10楼2012-04-23 22:30:13
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