应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 求助用siesta计算COHP
171/2返回列表12下一页
查看: 3085  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

星愿9997

银虫 (小有名气)

[求助] 求助用siesta计算COHP

因为我一直用vasp计算的，只是想用siesta补算COHP性质，所以对siesta这个软件不太了解，诚恳希望大家能够帮忙！
我现在设置基本按照例子中的基本设置设的，COHP是用siesta算完再用mprop这个程序算的。可做出的COHP图和用vasp做的DOS图差太多，根本对不上。。想问问是什么原因。我的输入文件是否有问题。
我的输入文件fdf是：
SystemName       I4/mcm K3ZnH5 GGA   # Descriptive name of the system
SystemLabel            K3ZnH5

# Species and atoms

NumberOfSpecies        3      
NumberOfAtoms          36      
%block ChemicalSpeciesLabel
    1    1  H
    2   19  K
    3   30  Zn
%endblock ChemicalSpeciesLabel

COOP.Write T
#WFS.EnergyMax 10.0 eV
####Diag.ParallelOverK T

# Basis

PAO.EnergyShift        0.137 eV
PAO.BasisSize          DZP
#PAO.BasisType          split
#PAO.SplitNorm         0.150000

LatticeConstant       1.0 Ang  

%block LatticeVectors         
7.612020   0.000000   0.000000
0.000000   7.612020   0.000000
0.000000   0.000000  11.213250
%endblock LatticeVectors

MeshCutoff          100.000000 Ry

xc.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE           # Exchange-correlation version

SpinPolarized         False          # Logical parameters are: yes or no

MeshCutoff           150. Ry        # Mesh cutoff. real space mesh

# SCF options
MaxSCFIterations       40           # Maximum number of SCF iter
DM.MixingWeight       0.1           # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-3         # Tolerance in maximum difference
                                    # between input and output DM
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
DM.NumberBroyden        3           # Broyden mixing

SolutionMethod        diagon        # OrderN or Diagon
#ElectronicTemperature  25meV       # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun           cg           # Type of dynamics:
MD.NumCGsteps           0           # Number of CG steps for

AtomicCoordinatesFormat     Fractional   
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.1242926376500364  0.6242926376500364  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.3757073623499636  0.1617964752489627  1
  0.3757073623499636  0.1242926376500364  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.6242926376500364  0.6617964752489627  1
  0.6242926376500364  0.8757073623499636  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.6242926376500364  0.3382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.3757073623499636  0.3382035247510373  1
  0.6242926376500364  0.1242926376500364  0.3382035247510373  1
  0.3757073623499636  0.8757073623499636  0.3382035247510373  1
  0.8757073623499636  0.3757073623499636  0.8382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.6242926376500364  0.8382035247510373  1
  0.6242926376500364  0.8757073623499636  0.8382035247510373  1
  0.3757073623499636  0.1242926376500364  0.8382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.3757073623499636  0.6617964752489627  1
  0.3757073623499636  0.8757073623499636  0.6617964752489627  1
  0.6242926376500364  0.1242926376500364  0.6617964752489627  1
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000  1
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000  1
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000  1
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000  1
  0.6809470143038610  0.1809470143038610  0.0000000000000000  2
  0.3190529856961390  0.8190529856961390  0.0000000000000000  2
  0.8190529856961390  0.6809470143038610  0.0000000000000000  2
  0.1809470143038610  0.3190529856961390  0.0000000000000000  2
  0.6809470143038610  0.8190529856961390  0.5000000000000000  2
  0.3190529856961390  0.1809470143038610  0.5000000000000000  2
  0.1809470143038610  0.6809470143038610  0.5000000000000000  2
  0.8190529856961390  0.3190529856961390  0.5000000000000000  2
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.2500000000000000  2
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.7500000000000000  2
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.7500000000000000  2
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.2500000000000000  2
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.2500000000000000  3
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.2500000000000000  3
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.7500000000000000  3
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.7500000000000000  3
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
下面是用siesta做的COHP和vasp做的DOS图。

COHP



DOS
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

材料相关（第一性vasp等）

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-09-11 14:59:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-13 10:25:14
没用过siesta，既然既然能做COHP，一定是原子轨道做基，而VASP是平面波，有差异很正常，主要是能量位置对不上......
建议你DOS也拿SIESTA做，这样就应该对上了
赞一下(3人) 回复此楼
5楼2012-09-12 10:04:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

xyzzz986

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢提示 2012-09-13 10:25:01
能量0点是否对齐了?
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-11 15:34:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xyzzz986 at 2012-09-11 15:34:46
能量0点是否对齐了?

额，可能没有。。怎么设置对齐呢？
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-11 15:45:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xyzzz986 at 2012-09-11 15:34:46
能量0点是否对齐了?

还想问一下，我的输入文件其他设置可以吗？
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-11 15:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-12 10:04:59
没用过siesta，既然既然能做COHP，一定是原子轨道做基，而VASP是平面波，有差异很正常，主要是能量位置对不上......
建议你DOS也拿SIESTA做，这样就应该对上了

主要是我文章都是用vasp做的，是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢
赞一下 回复此楼
6楼2012-09-12 10:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 星愿9997 at 2012-09-12 10:43:44
主要是我文章都是用vasp做的，是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢...

难道审稿人不知道VASP不能算COHP吗？
赞一下 回复此楼
7楼2012-09-12 10:54:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 星愿9997 at 2012-09-12 10:43:44
主要是我文章都是用vasp做的，是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢...

此前德国有个组在弄VASP的COHP，发了一篇文章，将平面波投影到原子轨道上，然后COHP，但结果也不十分理想。
参见：http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp202489s
赞一下 回复此楼
8楼2012-09-12 10:58:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
储氢的怎么都喜欢COOP/COHP?有什么特别吗？用VASP的大多就是优化一下结构，然后用其他软件算电子结构
赞一下 回复此楼
9楼2012-09-12 11:03:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-12 11:03:43
储氢的怎么都喜欢COOP/COHP?有什么特别吗？用VASP的大多就是优化一下结构，然后用其他软件算电子结构

对呀， 我也很郁闷，以前都没听过COHP图的，可是审稿人让做，估计他是做这方面的吧，唉，才只好现学siesta。COHP可能显示成键比较清晰吧。
    用siesta的人太少了，想问一下都没人可以问。
赞一下 回复此楼
10楼2012-09-12 11:52:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 星愿9997 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] FileCode能看出啥？ +8 要乐观耀哥 2026-08-10 23/1150 2026-08-13 00:35 by 要乐观耀哥
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] 长年满屏的广告，版主太不责任了。基金也等的急 +4 gltch 2026-08-12 4/200 2026-08-12 16:08 by eulota
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭