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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】smeagol并行计算失败，求助 已有2人参与

这两天编译了smeagol1.0b，并行编译成功，但是能并行计算，如：
mpirun -np X ./smeagol <***
则提示段错误之类的。而当用
mpirun -np 1 ./smeagol <**
则能正常计算，不知道原因在哪，求助坛子里面的高手。先谢谢了！
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1楼 2010-12-15 09:42:59
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流~ 2010-12-15 16:28:36
引用回帖:
Originally posted by guohuazhong at 2010-12-15 02:42:59:
这两天编译了smeagol1.0b，并行编译成功，但是能并行计算，如：
mpirun -np X ./smeagol <***
则提示段错误之类的。而当用
mpirun -np 1 ./smeagol <**
则能正常计算，不知道原因在哪，求助坛子里面的 ...

试一试在你的bash里面写上ulimit -s unlimited
试试。
祝好运。
并且问一下你的编译器和mpi是什么版本？
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弘德明志博学笃行
2楼2010-12-15 16:03:14
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-12-15 16:03:14:

试一试在你的bash里面写上ulimit -s unlimited
试试。
祝好运。
并且问一下你的编译器和mpi是什么版本？

我在bash里面写了，但还是没有作用，我用的编译器是ifort10.1和openmpi-1.4.1，同样的编译器在ubuntu10.10和centos 5.5上编译都是同样的不能并行。
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3楼2010-12-15 16:27:37
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by guohuazhong at 2010-12-15 09:27:37:


我在bash里面写了，但还是没有作用，我用的编译器是ifort10.1和openmpi-1.4.1，同样的编译器在ubuntu10.10和centos 5.5上编译都是同样的不能并行。

你的arch.make能贴出来看看吗？
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弘德明志博学笃行
4楼2010-12-15 19:06:04
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-12-15 19:06:04:

你的arch.make能贴出来看看吗？

SIESTA_ARCH=pg-mpif90
#
FC=mpif90  -convert big_endian -traceback -CB -heap-arrays -i_dynamic

FC_ASIS=$(FC)
#STACK   = -Wl,--heap,9000000,--stack,9000000  
FFLAGS= -w -mieee-fp -O0 -tpp7#-mtune=opteron -mieee-fp -zerouv -OPT:Ofast -O2
#LDFLAGS= -m64 -g -O0#-mtune=opteron -mieee-fp -zerouv -OPT:Ofast -O2
COMP_LIBS=
TRANSPORTFLAGS= -w -mieee-fp -O0 -tpp7 #-mtune=opteron -mieee-fp -zerouv -OPT:Ofast -O2 -c

SOURCE_DIR=/home/ghz/program/smeagol/smeagol.1.0b
EXEC = smeagol

#NETCDF_LIBS=/usr/local/netcdf-3.5/lib/pgi/libnetcdf.a
#NETCDF_INTERFACE=libnetcdf_f90.a
#DEFS_CDF=-DCDF

MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/opt/openmpi/include
DEFS_MPI=-DMPI



#BLACS=-L/opt/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64
#/usr/support/acml2.5.0/gnu64/lib/libblacsCinit.a /usr/support/acml2.5.0/gnu64/lib/libblacsF77init.a /usr/support/acml2.5.0/gnu64/lib/libblacs.a
BLACS=/opt/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_blacs_lp64.a
GUIDE=/opt/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t/libguide.so
BLAS=-L/opt/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_lapack -lmkl_core #-lguide -pthread
LAPACK=/opt/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_def.so\
/opt/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_lapack.so \
/opt/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_scalapack.a
#LAPACK2=-L/opt/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64
#/usr/support/acml2.5.0/gnu64/lib/libscalapack.a

#LAPACK=-L/opt/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core  #-lguide -pthread#-pthread -lmkl_intel_thread

#BLAS=-L/opt/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_lapack -lmkl_core #-lguide -pthread

LIBS= -lpthread $(GUIDE) $(BLAS) $(LAPACK) $(BLACS)
RANLIB=echo
SYS=bsd
DEFS= $(DEFS_CDF) $(DEFS_MPI)
#
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS)  $(DEFS) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS)   $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS)  $(DEFS) $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS)   $<
                            
#
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5楼2010-12-15 21:56:12
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-12-16 07:53:40
引用回帖:
Originally posted by guohuazhong at 2010-12-15 14:56:12:



SIESTA_ARCH=pg-mpif90
#
FC=mpif90  -convert big_endian -traceback -CB -heap-arrays -i_dynamic

FC_ASIS=$(FC)
#STACK   = -Wl,--heap,9000000,--stack,9000000  
FFLAGS= -w -mieee-fp -O0 -tp ...

BLACS用上面的带openmpi的能解决问题。
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弘德明志博学笃行
6楼2010-12-15 22:25:10
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