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【求助】如何使用openmpi在多节点并行计算?
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[交流]
【求助】如何使用openmpi在多节点并行计算?
已有3人参与
集群上使用的是openmpi,PBS有点问题,所以我一直用命令“mpirun -np 8 vasp”提交任务。不知道如何使用命令进行多节点的并行计算(把一个任务分配到多个节点上)。
在《并行计算导论》上查到关于mpich的使用:
引用回帖:
5. 运行MPICH程序
多机环境中运行MPICH程序与单机环境类似,可以用mpirun来进行。运行程序前先创建一个machinefile文件,其中列出要使用的结点机名,然后用命令“mpirun -machinefile 文件名 ...”来在指定的结点上运行程序。例如,假设用户登录在结点node2上,文件mfile中包含下述内容:
node3
node4
则命令:
mpirun -machinefile mfile -np 3 cpi
将用node2,node3 和node4来运行程序cpi,每个结点一个进程,这是因为默认情况下mpirun总是将当前结点添加到程序的结点机列表中。如果不希望使用当前结点(node2),可以加上-nolocal选项:
mpirun -nolocal -machinefile mfile -np 3 cpi
选项-np给出的进程数与-machinefile给出的文件中的结点机数不一定要相等。如果进程数少于结点机数,则程序只使用其中的一部分结点。如果进程数多于结点机数,则一些结点上会运行多于一个进程。
我参考着使用了一下
CODE:
[zhuqx_hp@node3 Se]$ nohup /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -machiefile INCAR KPOINTS POTCAR POSCAR -np 8 /home/bin/vasp.openmpi >out
结果报错了
引用回帖:
--------------------------------------------------------------------------
Open RTE detected a parse error in the hostfile:
INCAR
It occured on line number 1 on token 3.
--------------------------------------------------------------------------
[node3:26677] [0,0,0] ORTE_ERROR_LOG: Error in file rmgr_urm.c at line 358
[node3:26677] mpirun: spawn failed with errno=-1
machinefile:
引用回帖:
node2
node4
node5
node6
node7
请教了。谢谢
[
Last edited by Prettyswan on 2010-7-7 at 15:38
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★
lvjian8596(金币+1):感谢交流! 2010-07-07 22:16:45
并行命令
mpirun -n 8 -machinefile -mf vasp>log&
其中mf
node01
node02
........
........
node08
node08
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2010-07-07 18:44:42
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★ ★
lvjian8596(金币+1):感谢交流! 2010-07-07 22:53:44
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-08 10:05:19
在-machinefile后面还要加上你命名的各个节点的文件。记住,-machinefile是一个命令,而后面跟上的才是其对应的节点。
比如命名文件为mf,其中内容为上面所说的内容,则运行
mpirun -n 8 -machinefile mf vasp即可
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2010-07-07 22:41:35
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引用回帖:
Originally posted by
goldenfisher
at 2010-07-07 22:41:35:
在-machinefile后面还要加上你命名的各个节点的文件。记住,-machinefile是一个命令,而后面跟上的才是其对应的节点。
比如命名文件为mf,其中内容为上面所说的内容,则运行
mpirun -n 8 -machinefile mf vasp即可
官方指南中写道:
引用回帖:
SYNOPSIS
Single Process Multiple Data (SPMD) Model:
mpirun [ options ]
[
]
Multiple Instruction Multiple Data (MIMD) Model:
mpirun [ global_options ]
[ local_options1 ]
[
] :
[ local_options2 ]
[
] :
... :
[ local_optionsN ]
[
]
Note that in both models, invoking mpirun via an absolute path name is
equivalent to specifying the --prefix option with a
value equiva-
lent to the directory where mpirun resides, minus its last subdirec-
tory. For example:
% /usr/local/bin/mpirun ...
is equivalent to
% mpirun --prefix /usr/local
QUICK SUMMARY
If you are simply looking for how to run an MPI application, you proba-
bly want to use a command line of the following form:
% mpirun [ -np X ] [ --hostfile
]
This will run X copies of
in your current run-time environ-
ment (if running under a supported resource manager, Open MPI's mpirun
will usually automatically use the corresponding resource manager
process starter, as opposed to, for example, rsh or ssh, which require
the use of a hostfile, or will default to running all X copies on the
localhost), scheduling (by default) in a round-robin fashion by CPU
slot. See the rest of this page for more details.
我仿照着写了
CODE:
[zhuqx_hp@node2 Se]$ nohup /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -np 8 -hostfile mfile /home/bin/vasp.openmpi >out &
结果还是报错:
引用回帖:
--------------------------------------------------------------------------
Failed to find the following executable:
Host: node2
Executable: mfile
Cannot continue.
--------------------------------------------------------------------------
[
Last edited by Prettyswan on 2010-7-8 at 11:16
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2010-07-08 10:16:32
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★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指点 2010-07-08 17:18:55
节点的名称有可能不一样,你的集群的各个节点你要确认是以node命名的吗?
我们的就不是,是以compute-1命名的。
你的情况是找不到分节点,估计你的命名有问题
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2010-07-08 17:05:40
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引用回帖:
Originally posted by
goldenfisher
at 2010-07-08 17:05:40:
节点的名称有可能不一样,你的集群的各个节点你要确认是以node命名的吗?
我们的就不是,是以compute-1命名的。
你的情况是找不到分节点,估计你的命名有问题
我们的集群确实是node命名的。
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2010-07-16 21:50:05
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★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-07-17 08:47:28
你的节点名不对,字面上看,是不是node02
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7楼
2010-07-17 08:43:13
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Originally posted by
beyondstar
at 2010-07-17 08:43:13:
你的节点名不对,字面上看,是不是node02
我切换节点的时候都是用 rsh node2
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2010-07-17 09:35:33
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gavinliu7390(金币+1): 2010-07-17 12:00:08
-hostfile 去掉试试
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2010-07-17 10:37:00
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zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-08-11 10:33:33
好吧
我说实话
你基本的MPIRUN的命令都不对~~~~~
1)咨询你们的系统管理员
2)使用说明上已经表述的很清楚,option很多,自己仔细看。肯定可以看明白的
[
Last edited by 风间的记忆 on 2010-8-11 at 09:51
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九州浩淼,任其东西,明日何在,但随我意。
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2010-08-11 09:43:29
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