| 查看: 2226 | 回复: 5 | |||
[交流]
【求助】单机多核并行VASP，如何编译？ 已有4人参与
|
|
例如：2CPU，4核/cpu。单机多核并行VASP，如何编译？ 高人指点一下，需要注意哪些设置：如节点等 |
回复此楼» 猜你喜欢
288求调剂，一志愿华南理工大学071005
已经有5人回复
-
一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂
已经有5人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有12人回复
-
0856调剂，是学校就去
已经有5人回复
-
0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章
已经有13人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有11人回复
-
复试调剂
已经有6人回复
-
0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历
已经有11人回复
-
321求调剂
已经有10人回复
-
东华理工大学化材专业26届硕士博士申请
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- vasp并行编译后出现错误，请大家指教
已经有23人回复
- vasp5.2 并行编译如何修改makefile
已经有5人回复
- 【求助】求教VASP并行版的含义？
已经有6人回复
- 【求助】VASP编译出错
已经有5人回复
- 【求助成功】单机编译并行VASP，出现语法错误
已经有6人回复
- 【求助】VASP考虑自旋轨道耦合的话，如何编译
已经有17人回复
- 【求助】20金币求VASP编译软件 Fortran编译器和单机安装VASP4.6的过程
已经有4人回复
- 【求助】vasp5.2 在centos linux上的编译
已经有22人回复
valenhou001
至尊木虫 (职业作家)
- 1ST强帖: 13
- 应助: 241 (大学生)
- 金币: 25701.7
- 散金: 602
- 红花: 166
- 帖子: 3782
- 在线: 873.8小时
- 虫号: 1007127
- 注册: 2010-04-27
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2011-02-21 15:41:40
sunyang1988
至尊木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 24 (小学生)
- 贵宾: 0.984
- 金币: 9397.7
- 散金: 1593
- 红花: 23
- 沙发: 1
- 帖子: 1744
- 在线: 1255.8小时
- 虫号: 965316
- 注册: 2010-03-09
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2): 谢谢交流 2011-02-21 21:30:06
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2): 谢谢交流 2011-02-21 21:30:06
|
单机就一个节点，没什么节点问题 关于编译vasp,在本版VIP资源中有不少，自己找一下吧 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1505128 |
3楼2011-02-21 16:55:18
enola
捐助贵宾 (正式写手)
- 1ST强帖: 2
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 1485.9
- 散金: 1549
- 红花: 14
- 帖子: 847
- 在线: 102.5小时
- 虫号: 947564
- 注册: 2010-01-24
- 专业: 半导体光电子器件
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
|
版主，我有个疑问阿，如下，版主能给点建议吗？谢谢。。或者可以共享下版主的编译经验吗？ 我的计算环境如下： 我有两个Nodes，是HP的BL460c G7，配置是 Intel X5670 24G内存，两块20G的网卡。 我安装的系统的Debian-Lenny, 64bits 编译器是Intel的icc,ifort和MKL（version-11), 以及MPICH2。我已经 安装好VASP，才用Bewulf结构，但是计算中出现了问题： 1.如果我只在一个node上做计算（只启动一个node），采用mpirun，可以全速计算，MPI不会出现问题： 2.但是假如我同事启动两个，node0和node1（也就是两个node有数据交流时，不管用的核多少），我使用mpirun时，当POSCAR 或者说计算的super cell超过一定值时，就会报如下的错： ################################################### Fatal error in MPI_Waitall: Other MPI error, error stack: MPI_Waitall(261)..................: MPI_Waitall(count=46, req_array=0x7fffeeca46a0, status_array=0x7fffeeca4760) failed MPIDI_CH3I_Progress(150)..........: MPID_nem_mpich2_blocking_recv(948): MPID_nem_tcp_connpoll(1709).......: Communication error rank 23 in job 1 node0_55860 caused collective abort of all ranks exit status of rank 23: killed by signal 9 ###################################################举个例子,VASP的例子，关于水的优化： O atom in a box 1.0 ! universal scaling parameters 8.0 0.0 0.0 ! lattice vector a(1) 0.0 8.0 0.0 ! lattice vector a(2) 0.0 0.0 8.0 ! lattice vector a(3) 1 ! number of atoms cart ! positions in cartesian coordinates 0 0 0 当 “1.0 ! universal scaling parameters”，时，同时在两个nodes上计算（也就是两个node有数据交流时）会出错的，但是在一个node上不会。 但是当把“1.0 ! universal scaling parameters”中的“1”修改成0.5时，就不会。 我也测试过不管怎么样，当supercell超过4，就会出错。 |
4楼2011-02-23 16:03:40
sunyang1988
至尊木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 24 (小学生)
- 贵宾: 0.984
- 金币: 9397.7
- 散金: 1593
- 红花: 23
- 沙发: 1
- 帖子: 1744
- 在线: 1255.8小时
- 虫号: 965316
- 注册: 2010-03-09
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
5楼2011-02-24 00:01:03
bluewhale
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 58 (初中生)
- 金币: 8438.3
- 散金: 50
- 红花: 10
- 帖子: 890
- 在线: 362.2小时
- 虫号: 278289
- 注册: 2006-09-10
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
6楼2011-02-24 00:23:06
