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Prettyswan

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何使用openmpi在多节点并行计算?已有3人参与

集群上使用的是openmpi,PBS有点问题,所以我一直用命令“mpirun -np 8 vasp”提交任务。不知道如何使用命令进行多节点的并行计算(把一个任务分配到多个节点上)。
在《并行计算导论》上查到关于mpich的使用:
引用回帖:
5. 运行MPICH程序
多机环境中运行MPICH程序与单机环境类似,可以用mpirun来进行。运行程序前先创建一个machinefile文件,其中列出要使用的结点机名,然后用命令“mpirun -machinefile 文件名 ...”来在指定的结点上运行程序。例如,假设用户登录在结点node2上,文件mfile中包含下述内容:
node3
node4
则命令:
mpirun -machinefile mfile -np 3 cpi
将用node2,node3 和node4来运行程序cpi,每个结点一个进程,这是因为默认情况下mpirun总是将当前结点添加到程序的结点机列表中。如果不希望使用当前结点(node2),可以加上-nolocal选项:
mpirun -nolocal -machinefile mfile -np 3 cpi
选项-np给出的进程数与-machinefile给出的文件中的结点机数不一定要相等。如果进程数少于结点机数,则程序只使用其中的一部分结点。如果进程数多于结点机数,则一些结点上会运行多于一个进程。

我参考着使用了一下
CODE:
[zhuqx_hp@node3 Se]$ nohup /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -machiefile INCAR KPOINTS POTCAR POSCAR -np 8 /home/bin/vasp.openmpi >out

结果报错了
引用回帖:
--------------------------------------------------------------------------
Open RTE detected a parse error in the hostfile:
    INCAR
It occured on line number 1 on token 3.
--------------------------------------------------------------------------
[node3:26677] [0,0,0] ORTE_ERROR_LOG: Error in file rmgr_urm.c at line 358
[node3:26677] mpirun: spawn failed with errno=-1

machinefile:
引用回帖:
node2
node4
node5
node6
node7

请教了。谢谢

[ Last edited by Prettyswan on 2010-7-7 at 15:38 ]
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

★ ★
lvjian8596(金币+1):感谢交流! 2010-07-07 22:53:44
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-08 10:05:19
在-machinefile后面还要加上你命名的各个节点的文件。记住,-machinefile是一个命令,而后面跟上的才是其对应的节点。
比如命名文件为mf,其中内容为上面所说的内容,则运行
mpirun -n 8 -machinefile mf vasp即可
3楼2010-07-07 22:41:35
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指点 2010-07-08 17:18:55
节点的名称有可能不一样,你的集群的各个节点你要确认是以node命名的吗?
我们的就不是,是以compute-1命名的。
你的情况是找不到分节点,估计你的命名有问题
5楼2010-07-08 17:05:40
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