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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 真菌ITS鉴定问题若干
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465663473

铜虫 (小有名气)

[求助] 真菌ITS鉴定问题若干

以前做过细菌16S鉴定，现在需要开展真菌分子鉴定，但有很多疑问：
1，真菌ITS区域在分析时需要去掉中间夹杂的5.8S序列片段吗？如需要去除，具体如何操作，如何识别序列中的5.8S片段？
2，真菌ITS鉴定有没有一个鉴定的界值？可以帮助区分种和属？
3，除GenBank之外，有没有一个类似RDP数据库的ITS序列数据库？
4，除ITS之外，28S D1-D2区，β-tubulin gene和elongation factor gene有无鉴定的界值？

疑问太多了，求高手帮忙！
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1楼 2013-04-03 10:09:08
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L人生游戏

铜虫 (小有名气)
★ ★
zhangxingc: 金币+2, 鼓励交流，欢迎常到微生物 2013-04-03 11:37:52
ITS区域分为 its1,5.8s RNA，its2，直接用通用引物扩增就行了，不用去除。

不知道你指的界值是什么，ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank，这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定，我也不太懂，我也准备研究28S D1-D2区，β-tubulin gene这些。
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2楼2013-04-03 10:30:04
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465663473

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by L人生游戏 at 2013-04-03 10:30:04
ITS区域分为 its1,5.8s RNA，its2，直接用通用引物扩增就行了，不用去除。

不知道你指的界值是什么，ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank，这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定，我也 ...

多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么？应该有一个序列相似度的界值，多大的相似度可以鉴定到属，多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误，比如序列质量很差或是命名有问题，BLAST结果很多时候不满意。您是如何处理？
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3楼2013-04-03 10:46:03
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L人生游戏

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 465663473 at 2013-04-03 10:46:03
多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么？应该有一个序列相似度的界值，多大的相似度可以鉴定到属，多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误，比如序列质量很差或是命 ...

BLAST出来的序列的相似度在99%及以上，前十几条应该都属于一个种的吧，genbank上许多序列确实是不规范，很多序列不完全，只是部分序列，不过也问题不大，多比对几条，综合筛选一下就行了。
至于鉴定的标准，我个人觉得就是序列的相似度了吧，匹配越完全，准确度越大。有些问题我也不是很清楚，也在学习当中。
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4楼2013-04-09 14:51:29
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465663473

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by L人生游戏 at 2013-04-09 14:51:29
BLAST出来的序列的相似度在99%及以上，前十几条应该都属于一个种的吧，genbank上许多序列确实是不规范，很多序列不完全，只是部分序列，不过也问题不大，多比对几条，综合筛选一下就行了。
至于鉴定的标准，我个人 ...

嗯，真菌分子鉴定确实是个问题。我看很多文章都在讨论ITS种内变异程度。但基本上都是各说各的，也没有一个标准。
要是有一个真菌分子鉴定的标准就好了。
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5楼2013-04-09 18:04:06
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L人生游戏

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 465663473 at 2013-04-09 18:04:06
嗯，真菌分子鉴定确实是个问题。我看很多文章都在讨论ITS种内变异程度。但基本上都是各说各的，也没有一个标准。
要是有一个真菌分子鉴定的标准就好了。...

本来标准什么的都是人为规定的，真菌也不是生来就划分了的。不知你是做哪方面的，我也现在刚刚开始做，确实很多方面都欠缺。
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6楼2013-04-09 20:08:33
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zhsp07

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

ITS对于不同类型的（门、纲）的真菌，种内差异度不同，所以一般就是97%作为鉴定标准就好了，BLAST一般用的是ITS全长
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车到山前必有路!
7楼2013-11-18 19:12:20
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rose.no.9

木虫 (著名写手)
你好，我最近想用calmodulin和β-tubulin sequence做真菌种属鉴定，不知道楼主有否这方面的文献可以借鉴？谢谢！
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8楼2013-12-14 16:07:25
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最后一根火柴

铜虫 (初入文坛)
各位老师，小弟现在准备用二代测序的方法做粪便中真菌的检测，目前遇到的困惑如下：
    1、真菌内部转录间隔区ITS1-2序列大约有多少个bp？
     2、我目前联系的公司是使用illumina的方法测序，可以测的长度大约300bp。我担心ITS1-2序列长度会超过300bp，这样对结果分析影响大吗？我现在已经将样本交给对方了，有点担心这个问题！希望各位老师不吝赐教！感激不尽！
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做最好的自己！
9楼2014-01-10 20:52:04
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