24小时热门版块排行榜    

查看: 2991  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

465663473

铜虫 (小有名气)

[求助] 真菌ITS鉴定问题若干

以前做过细菌16S鉴定,现在需要开展真菌分子鉴定,但有很多疑问:
1,真菌ITS区域在分析时需要去掉中间夹杂的5.8S序列片段吗?如需要去除,具体如何操作,如何识别序列中的5.8S片段?
2,真菌ITS鉴定有没有一个鉴定的界值?可以帮助区分种和属?
3,除GenBank之外,有没有一个类似RDP数据库的ITS序列数据库?
4,除ITS之外,28S D1-D2区,β-tubulin gene和elongation factor gene有无鉴定的界值?

疑问太多了,求高手帮忙!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

465663473

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by L人生游戏 at 2013-04-03 10:30:04
ITS区域分为 its1,5.8s RNA,its2,直接用通用引物扩增就行了,不用去除。

不知道你指的界值是什么,ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank,这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定,我也 ...

多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么?应该有一个序列相似度的界值,多大的相似度可以鉴定到属,多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误,比如序列质量很差或是命名有问题,BLAST结果很多时候不满意。您是如何处理?
3楼2013-04-03 10:46:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

L人生游戏

铜虫 (小有名气)

★ ★
zhangxingc: 金币+2, 鼓励交流,欢迎常到微生物 2013-04-03 11:37:52
ITS区域分为 its1,5.8s RNA,its2,直接用通用引物扩增就行了,不用去除。

不知道你指的界值是什么,ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank,这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定,我也不太懂,我也准备研究28S D1-D2区,β-tubulin gene这些。
珍惜生命,珍惜时间!
2楼2013-04-03 10:30:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

L人生游戏

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 465663473 at 2013-04-03 10:46:03
多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么?应该有一个序列相似度的界值,多大的相似度可以鉴定到属,多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误,比如序列质量很差或是命 ...

BLAST出来的序列的相似度在99%及以上,前十几条应该都属于一个种的吧,genbank上许多序列确实是不规范,很多序列不完全,只是部分序列,不过也问题不大,多比对几条,综合筛选一下就行了。
至于鉴定的标准,我个人觉得就是序列的相似度了吧,匹配越完全,准确度越大。有些问题我也不是很清楚,也在学习当中。
珍惜生命,珍惜时间!
4楼2013-04-09 14:51:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

465663473

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by L人生游戏 at 2013-04-09 14:51:29
BLAST出来的序列的相似度在99%及以上,前十几条应该都属于一个种的吧,genbank上许多序列确实是不规范,很多序列不完全,只是部分序列,不过也问题不大,多比对几条,综合筛选一下就行了。
至于鉴定的标准,我个人 ...

嗯,真菌分子鉴定确实是个问题。我看很多文章都在讨论ITS种内变异程度。但基本上都是各说各的,也没有一个标准。
要是有一个真菌分子鉴定的标准就好了。
5楼2013-04-09 18:04:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金不中,共勉 +3 eulota 2026-08-26 3/150 2026-08-26 16:17 by 路yyyy
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +26 yaoyewhu2008 2026-08-20 28/1400 2026-08-26 13:49 by zzuzxg
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +4 叶九微 2026-08-26 4/200 2026-08-26 10:52 by xiacongxu
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
信息提示
请填处理意见