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465663473

铜虫 (小有名气)

[求助] 真菌ITS鉴定问题若干

以前做过细菌16S鉴定,现在需要开展真菌分子鉴定,但有很多疑问:
1,真菌ITS区域在分析时需要去掉中间夹杂的5.8S序列片段吗?如需要去除,具体如何操作,如何识别序列中的5.8S片段?
2,真菌ITS鉴定有没有一个鉴定的界值?可以帮助区分种和属?
3,除GenBank之外,有没有一个类似RDP数据库的ITS序列数据库?
4,除ITS之外,28S D1-D2区,β-tubulin gene和elongation factor gene有无鉴定的界值?

疑问太多了,求高手帮忙!
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L人生游戏

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 465663473 at 2013-04-03 10:46:03
多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么?应该有一个序列相似度的界值,多大的相似度可以鉴定到属,多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误,比如序列质量很差或是命 ...

BLAST出来的序列的相似度在99%及以上,前十几条应该都属于一个种的吧,genbank上许多序列确实是不规范,很多序列不完全,只是部分序列,不过也问题不大,多比对几条,综合筛选一下就行了。
至于鉴定的标准,我个人觉得就是序列的相似度了吧,匹配越完全,准确度越大。有些问题我也不是很清楚,也在学习当中。
珍惜生命,珍惜时间!
4楼2013-04-09 14:51:29
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L人生游戏

铜虫 (小有名气)

★ ★
zhangxingc: 金币+2, 鼓励交流,欢迎常到微生物 2013-04-03 11:37:52
ITS区域分为 its1,5.8s RNA,its2,直接用通用引物扩增就行了,不用去除。

不知道你指的界值是什么,ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank,这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定,我也不太懂,我也准备研究28S D1-D2区,β-tubulin gene这些。
珍惜生命,珍惜时间!
2楼2013-04-03 10:30:04
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465663473

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by L人生游戏 at 2013-04-03 10:30:04
ITS区域分为 its1,5.8s RNA,its2,直接用通用引物扩增就行了,不用去除。

不知道你指的界值是什么,ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank,这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定,我也 ...

多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么?应该有一个序列相似度的界值,多大的相似度可以鉴定到属,多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误,比如序列质量很差或是命名有问题,BLAST结果很多时候不满意。您是如何处理?
3楼2013-04-03 10:46:03
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465663473

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by L人生游戏 at 2013-04-09 14:51:29
BLAST出来的序列的相似度在99%及以上,前十几条应该都属于一个种的吧,genbank上许多序列确实是不规范,很多序列不完全,只是部分序列,不过也问题不大,多比对几条,综合筛选一下就行了。
至于鉴定的标准,我个人 ...

嗯,真菌分子鉴定确实是个问题。我看很多文章都在讨论ITS种内变异程度。但基本上都是各说各的,也没有一个标准。
要是有一个真菌分子鉴定的标准就好了。
5楼2013-04-09 18:04:06
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