24小时热门版块排行榜    

查看: 3011  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

465663473

铜虫 (小有名气)

[求助] 真菌ITS鉴定问题若干

以前做过细菌16S鉴定,现在需要开展真菌分子鉴定,但有很多疑问:
1,真菌ITS区域在分析时需要去掉中间夹杂的5.8S序列片段吗?如需要去除,具体如何操作,如何识别序列中的5.8S片段?
2,真菌ITS鉴定有没有一个鉴定的界值?可以帮助区分种和属?
3,除GenBank之外,有没有一个类似RDP数据库的ITS序列数据库?
4,除ITS之外,28S D1-D2区,β-tubulin gene和elongation factor gene有无鉴定的界值?

疑问太多了,求高手帮忙!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhsp07

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

ITS对于不同类型的(门、纲)的真菌,种内差异度不同,所以一般就是97%作为鉴定标准就好了,BLAST一般用的是ITS全长
车到山前必有路!
7楼2013-11-18 19:12:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

L人生游戏

铜虫 (小有名气)

★ ★
zhangxingc: 金币+2, 鼓励交流,欢迎常到微生物 2013-04-03 11:37:52
ITS区域分为 its1,5.8s RNA,its2,直接用通用引物扩增就行了,不用去除。

不知道你指的界值是什么,ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank,这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定,我也不太懂,我也准备研究28S D1-D2区,β-tubulin gene这些。
珍惜生命,珍惜时间!
2楼2013-04-03 10:30:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

465663473

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by L人生游戏 at 2013-04-03 10:30:04
ITS区域分为 its1,5.8s RNA,its2,直接用通用引物扩增就行了,不用去除。

不知道你指的界值是什么,ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank,这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定,我也 ...

多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么?应该有一个序列相似度的界值,多大的相似度可以鉴定到属,多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误,比如序列质量很差或是命名有问题,BLAST结果很多时候不满意。您是如何处理?
3楼2013-04-03 10:46:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

L人生游戏

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 465663473 at 2013-04-03 10:46:03
多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么?应该有一个序列相似度的界值,多大的相似度可以鉴定到属,多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误,比如序列质量很差或是命 ...

BLAST出来的序列的相似度在99%及以上,前十几条应该都属于一个种的吧,genbank上许多序列确实是不规范,很多序列不完全,只是部分序列,不过也问题不大,多比对几条,综合筛选一下就行了。
至于鉴定的标准,我个人觉得就是序列的相似度了吧,匹配越完全,准确度越大。有些问题我也不是很清楚,也在学习当中。
珍惜生命,珍惜时间!
4楼2013-04-09 14:51:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上意见出来了 +11 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 20/1000 2026-08-31 17:36 by dxcharlary
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见