应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 真菌ITS鉴定问题若干
51/1返回列表
查看: 3037  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

465663473

铜虫 (小有名气)

[求助] 真菌ITS鉴定问题若干

以前做过细菌16S鉴定，现在需要开展真菌分子鉴定，但有很多疑问：
1，真菌ITS区域在分析时需要去掉中间夹杂的5.8S序列片段吗？如需要去除，具体如何操作，如何识别序列中的5.8S片段？
2，真菌ITS鉴定有没有一个鉴定的界值？可以帮助区分种和属？
3，除GenBank之外，有没有一个类似RDP数据库的ITS序列数据库？
4，除ITS之外，28S D1-D2区，β-tubulin gene和elongation factor gene有无鉴定的界值？

疑问太多了，求高手帮忙！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-03 10:09:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

最后一根火柴

铜虫 (初入文坛)
各位老师，小弟现在准备用二代测序的方法做粪便中真菌的检测，目前遇到的困惑如下：
    1、真菌内部转录间隔区ITS1-2序列大约有多少个bp？
     2、我目前联系的公司是使用illumina的方法测序，可以测的长度大约300bp。我担心ITS1-2序列长度会超过300bp，这样对结果分析影响大吗？我现在已经将样本交给对方了，有点担心这个问题！希望各位老师不吝赐教！感激不尽！
赞一下 回复此楼
做最好的自己！
9楼2014-01-10 20:52:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

L人生游戏

铜虫 (小有名气)
★ ★
zhangxingc: 金币+2, 鼓励交流，欢迎常到微生物 2013-04-03 11:37:52
ITS区域分为 its1,5.8s RNA，its2，直接用通用引物扩增就行了，不用去除。

不知道你指的界值是什么，ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank，这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定，我也不太懂，我也准备研究28S D1-D2区，β-tubulin gene这些。
赞一下(1人) 回复此楼
珍惜生命，珍惜时间！
2楼2013-04-03 10:30:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

465663473

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by L人生游戏 at 2013-04-03 10:30:04
ITS区域分为 its1,5.8s RNA，its2，直接用通用引物扩增就行了，不用去除。

不知道你指的界值是什么，ITS1  ITS2这两段就能够鉴定出来啊。

一般都用genbank，这里的信息已经足够全了。

至于其它的鉴定，我也 ...

多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么？应该有一个序列相似度的界值，多大的相似度可以鉴定到属，多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误，比如序列质量很差或是命名有问题，BLAST结果很多时候不满意。您是如何处理？
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-03 10:46:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

L人生游戏

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 465663473 at 2013-04-03 10:46:03
多谢@L人生游戏的回答!
ITS1  ITS2鉴定的标准是什么？应该有一个序列相似度的界值，多大的相似度可以鉴定到属，多大的相似度可以鉴定到种。哪怕只是参考值。
GenBank有很多序列存在错误，比如序列质量很差或是命 ...

BLAST出来的序列的相似度在99%及以上，前十几条应该都属于一个种的吧，genbank上许多序列确实是不规范，很多序列不完全，只是部分序列，不过也问题不大，多比对几条，综合筛选一下就行了。
至于鉴定的标准，我个人觉得就是序列的相似度了吧，匹配越完全，准确度越大。有些问题我也不是很清楚，也在学习当中。
赞一下 回复此楼
珍惜生命，珍惜时间！
4楼2013-04-09 14:51:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-18 10:18 by yS4CkeWDhD6V
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 C79jjtjAKjEn 2026-09-15 4/200 2026-09-18 06:44 by manzzl
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 C79jjtjAKjEn 2026-09-15 3/150 2026-09-18 03:30 by cITaGg3p5edr
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-18 03:04 by cITaGg3p5edr
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-18 02:54 by cITaGg3p5edr
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 6/300 2026-09-18 01:54 by cITaGg3p5edr
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 7/350 2026-09-17 23:28 by cuPZTDXS3VOd
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-17 23:16 by cuPZTDXS3VOd
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 9/450 2026-09-17 23:05 by cuPZTDXS3VOd
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-17 16:03 by 0ngsZVSCTS7z
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 6/300 2026-09-17 13:53 by ObVzqQQh1rrE
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-17 13:17 by ObVzqQQh1rrE
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 4/200 2026-09-17 05:50 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:28 by k06BKNblrGRH
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-17 03:14 by Tql5LQhh5rLK
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-17 02:38 by Tql5LQhh5rLK
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-16 17:27 by i3KBRD19ERkG
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 16:00 by i3KBRD19ERkG
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:46 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭