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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎么观察一个蛋白质表面的疏水性
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 怎么观察一个蛋白质表面的疏水性

小弟不才。。。
起因：目前有个蛋白结构，有一些实验数据表明在催化为点可能存在一个疏水区域
经过：试图用SYBYL和DS观察这个区域的疏水/亲水性，失败
结果：求助各位，我需要能观察那种有渐进过渡的疏水or亲水性表面，不要vmd那种单个氨基酸的疏水性。求助通过什么模块什么程序能达到这个目标？
ps：能够计算出疏水区域的大小或者占整个活性中心表面的比例呢？
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1楼 2013-03-16 10:23:37
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倩430

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-18 15:25:53
lmzxcom1: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-19 10:22:48
chimera，免费的。而且做出来的既符合你的标准又恨漂亮。
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3楼2013-03-18 09:43:51
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
亲，我也在做类似的分析，请问怎么样可以统计出蛋白表面亲疏水的残基呢？
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滴答
4楼2013-05-15 20:48:42
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gaoyp0114

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lmzxcom1: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，这么久了还有好心人 2013-11-26 16:22:22
你试试http://model.nmr.ru/platinum/这个软件，希望对你有用
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5楼2013-11-25 16:18:39
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teng_boo

铁虫 (初入文坛)
兄台，我也遇到了和你一样的问题，想要统计出蛋白质二级结构表面疏水区域。
不知道你的问题解决了没有？是怎么解决的？
跪谢。。。。。
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6楼2015-07-03 14:14:07
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