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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 怎么观察一个蛋白质表面的疏水性

小弟不才。。。
起因:目前有个蛋白结构,有一些实验数据表明在催化为点可能存在一个疏水区域
经过:试图用SYBYL和DS观察这个区域的疏水/亲水性,失败
结果:求助各位,我需要能观察那种有渐进过渡的疏水or亲水性表面,不要vmd那种单个氨基酸的疏水性。求助通过什么模块什么程序能达到这个目标?
ps:能够计算出疏水区域的大小或者占整个活性中心表面的比例呢?
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

2楼2013-03-16 18:38:29
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倩430

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-18 15:25:53
lmzxcom1: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-19 10:22:48
chimera,免费的。而且做出来的既符合你的标准又恨漂亮。
3楼2013-03-18 09:43:51
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

亲,我也在做类似的分析,请问怎么样可以统计出蛋白表面亲疏水的残基呢?
滴答
4楼2013-05-15 20:48:42
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gaoyp0114

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lmzxcom1: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢,这么久了还有好心人 2013-11-26 16:22:22
你试试http://model.nmr.ru/platinum/这个软件,希望对你有用
5楼2013-11-25 16:18:39
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teng_boo

铁虫 (初入文坛)

兄台,我也遇到了和你一样的问题,想要统计出蛋白质二级结构表面疏水区域。
不知道你的问题解决了没有?是怎么解决的?
跪谢。。。。。
6楼2015-07-03 14:14:07
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teng_boo

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wanglang1987 at 2013-05-15 20:48:42
亲,我也在做类似的分析,请问怎么样可以统计出蛋白表面亲疏水的残基呢?

兄台。。。我遇到了和你一样的问题,你找到解决方法了没?
可否告知在下,不甚感激。。。
7楼2015-07-03 14:15:30
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如惠而至

新虫 (小有名气)

初学者,也遇到了这样的问题,不知道怎么解决。

发自小木虫Android客户端
8楼2018-08-30 14:51:27
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