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zdx516

铁虫 (小有名气)

[求助] 我想做3个基因的overlap pcr ,不知怎样做才好

各位大侠,我想做3个基因的overlap pcr ,不知怎样做才好,已经设计好了引物,分别扩增出,并回收了3段基因,想把它们连起来,是两两组合overlap,还是三个一起呢?退火温度有什么需要注意的么?非常感谢
片段A  800多bp,片段B 1300bp,片段C  800 多bp, 重叠18-21个

[ Last edited by zdx516 on 2013-3-13 at 15:37 ]
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zdx516

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-03-13 16:24:51
直接三个片段放一起,只加首尾两条引物,扩出条带应该没问题。

你好,我做了几次,大小都不对,前辈看看我的做法是否有些不妥之处
我把片段U、T、D分别扩增回收后。
25ul体系:
U   1ul
T   1UL
D   1UL
dNTP 2ul
10*buffer 2.5ul
pfu 酶   0.2ul
ddH2O   15.3ul
94度 3min
以下10个循环:
94   30s
50,52,55,58,60度 40s
72   2min
扩增10个循环后,将产物做2倍稀释后,作为模板A
50ul体系:
模板A    3ul
dNTP  4ul
最前和最后一个引物  各2ul
Taq 酶   0.5ul
10*buffer 5ul
ddH2O  33.5ul
94度 5min
以下30个循环:
94   30s
50,52,55,58,60度 40s
72   2min
最后72  10min
每次大小都不对,变得小了,谢谢
3楼2013-03-19 21:34:52
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
直接三个片段放一起,只加首尾两条引物,扩出条带应该没问题。
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-03-13 16:24:51
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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zdx516: 金币+5, 有帮助 2013-03-27 16:45:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by zdx516 at 2013-03-19 21:34:52
你好,我做了几次,大小都不对,前辈看看我的做法是否有些不妥之处
我把片段U、T、D分别扩增回收后。
25ul体系:
U   1ul
T   1UL
D   1UL
dNTP 2ul
10*buffer 2.5ul
pfu 酶   0.2ul
ddH2O   15.3ul
94 ...

不行的话,你先U和T扩,跑胶回收,然后回收产物再和D跑

或者UT跑,TD跑,然后产物回收,两个产物再放一起跑
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2013-03-20 01:28:07
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zdx516

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gyesang at 2013-03-20 01:28:07
不行的话,你先U和T扩,跑胶回收,然后回收产物再和D跑

或者UT跑,TD跑,然后产物回收,两个产物再放一起跑...

我两种方法都做了,就是大小不对,电泳检测好多带,就是没有接近理论大小的条带,哎,怎么办呢
5楼2013-03-21 15:31:37
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