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yuezhonghui

木虫 (著名写手)

[求助] 【求助】一些A、B类错误求解

各位大神,在下晶体有些A、B类错误,恳求实质性指导,特别是A类错误,多谢!

Alert level A
PLAT341_ALERT_3_A Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.1022 Ang  
PLAT431_ALERT_2_A Short Inter HL..A  Contact  Cl2    ..  O1      .       2.53 Ang.
Alert level B
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O1     
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O2
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每个人都必须横越自己的撒哈拉沙漠。
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yuezhifang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yuezhonghui: 金币+5, 有帮助, 以后试试,多谢! 2013-11-12 19:05:59
在ins里加damp 600指令试试,这么久了不知还有没有用
15楼2013-11-12 18:17:05
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普通回帖

yuezhonghui

木虫 (著名写手)

Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.1022 Ang  
应该是C-C键的精度不够,不知有何绝招
每个人都必须横越自己的撒哈拉沙漠。
2楼2013-03-09 23:12:53
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yuezhonghui

木虫 (著名写手)

Short Inter HL..A  Contact  Cl2    ..  O1      .       2.53 Ang.
用dfix Cl2 O1 5.53 0.01 命令仍然无效
每个人都必须横越自己的撒哈拉沙漠。
3楼2013-03-09 23:13:45
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yuezhonghui

木虫 (著名写手)

PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O1     
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O2
涉及到溶剂水分子的理论加氢,本人通过Xshell无法理论加氢
每个人都必须横越自己的撒哈拉沙漠。
4楼2013-03-09 23:15:12
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yuezhonghui

木虫 (著名写手)

恳求各位老师相助,多谢!
每个人都必须横越自己的撒哈拉沙漠。
5楼2013-03-09 23:16:29
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yuezhonghui

木虫 (著名写手)

自己顶起
每个人都必须横越自己的撒哈拉沙漠。
6楼2013-03-10 16:55:27
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yuezhonghui

木虫 (著名写手)

顶起!
每个人都必须横越自己的撒哈拉沙漠。
7楼2013-03-10 20:09:51
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuezhonghui: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢! 2013-03-10 21:57:46
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O1     
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O2
水分子上头加氢一般不用理论加氢,可以通过q值残余峰加氢。首先请给足q的数量(比如plan 80),精修几轮,然后检查O1和O2上是否有键连的比较符合水分子键长和键角的q,如果有,就可以直接把这样的q命名为H再精修就可以。

Alert level A
PLAT341_ALERT_3_A Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.1022 Ang  
PLAT431_ALERT_2_A Short Inter HL..A  Contact  Cl2    ..  O1      .       2.53 Ang.
第一个关于C-C Bonds 精度的问题不知道怎样回答。关于第2个问题 Cl2    ..  O1 距离建议使用DFIX命令。
可能是你使用DFIX命令写的不对,应该是:DFIX 3.53 Cl2 O1。另外建议首先DFIX的距离可以短一些,比如3.53 然后再测量一下Cl2 O1的距离,看DFIX命令是否起作用。如果起作用你就可以重新设置Cl2 O1距离进行精修。请注意你使用DFIX改变的距离越大,一般R值升高的也越大。
老歪博
8楼2013-03-10 21:05:50
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yuezhonghui

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by p452_1 at 2013-03-10 21:05:50
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O1     
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O2
水分子上头加氢一般不用理论加氢,可以 ...

多谢!
每个人都必须横越自己的撒哈拉沙漠。
9楼2013-03-10 21:58:49
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yuezhonghui

木虫 (著名写手)

要是谁能把PLAT341_ALERT_3_A Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.1022 Ang  这个解决就好了
每个人都必须横越自己的撒哈拉沙漠。
10楼2013-03-10 21:59:18
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