应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 【交流】常见A、B类错误及解决办法大收集
621/7返回列表123456下一页末页
查看: 11446  |  回复: 61
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 CMEI ，点击这里进行查看

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主

[交流] 【交流】常见A、B类错误及解决办法大收集 已有34人参与

checkcif ：
1.http://checkcif.iucr.org/；
2.http://journals.iucr.org/services/cif/checkcif.html（for Acta  C and E）

checkcif 时，出现A、B类错误是很常见的，但这是我们做晶体人员必须得学会解决的问题。

坛子里的虫友们接触晶体的时间有长有短（有小硕的刚开始，也有大师的几十年），遇到过的问题却多有雷同，大都掌握了一定的解决A、B类错误的方法和技巧。

“常见A、B类错误及解决办法大收集”活动的目的是全面收集，编辑成册，惠及大家。

为了帮助更多的虫子方便、快速、自主地解决遇到的A、B类错误，特举办此活动，望大家积极参与，奖金丰厚（允许重复贴，视情况予以奖励）！
！
活动参与细则：
1.跟帖形式：
    B类错误：PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.78 Ratio
    解决办法：在ins中加simu 0.01 0.02 3.8 $C
2.重复问题，可以有不相同的解决办法。严禁直接copy
3.一条解决办法1~2个金币，高效者，可追加

2011年，我们希望晶体版块有个更好的开端、小木虫有个更猛的发展势头：新虫子的问题能够得到更好、更快速的答复；老虫子们能在这里逛得闲适、潇洒！



注：可能有部分帖子涉及到小汇总，如：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2768638&fpage=1，但远远不足，望虫友们多多支持工作~~

[ Last edited by 帝夫 on 2011-5-21 at 11:53 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MOFs相关必读-晶体生长 晶体解析相关 晶体 A/B类错误及其解决办法
羧酸配合物 晶型研究 晶体 j晶体软件使用
晶体 crystal 专业知识 晶体解析
收藏 收藏 晶体结构解析 晶体背囊
检索 软件操作 用的到得好贴 晶体解析与作图

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

倚门回首 tritiger yyosaka08 尚云凤 sdujjt lengyingwuji 冀台村001

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
万俗皆走圆，一生尤学方！
1楼 2011-01-19 16:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
一下关于CIF的检测说明摘自lijunjie84提供的http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2768638&fpage=1
关于CIF 检测中出现的A,B 等类错误的说明
一般分为8 类，分别为：
# _0xx - general
# _1xx - cell/symmetry
# _2xx - adp-related
# _3xx - intra geometry
# _4xx - inter geometry
# _5xx - coordination geometry
# _6xx - void tests
# _7xx – various test
下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家，希望能对您有所帮助！
_201 检测分子结构主体中各向同性的非氢原子，各向同性在通常的精修中并不
常用，只是在处理无序是才用到。
_202 检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子
_211 检测主体分子的NPD ADP's 。检测主体分子中各相异性参数中负值部分
（NPD is non-positive displacement ）
_212 检测溶剂或阴离子分子的NPD ADP's 。检测溶剂或阴离子分子中各相异性
参数中负值部
_213 主体分子中ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序没有
处理。
_214 溶剂或阴离子中ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序
没有处理。
_220 检测主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出
警报。太高或太低的值表明原子可能定错(i.e. Br versus Ag)
_221 检测非主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发
出警报
_222 检测主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警
报
_223 检测非主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出
警报
_230, _233 : Hirschfield 刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各
相异性参数，无序或过度精修可能会导致大小不一。原子的错误判定也会有这样
的结果。DELREF 技术 (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数据通常对含重
原子的键有较大的 DELU 值
_241, _242 检测相对于相邻原子过高或过低的U(eq)值。原子的U(eq) 值会被拿
去与所有非氢原子的平均U(eq)去比较，如果值太大，可能是原子定错了。
_013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度
_020 : 检测 R(int)。R(int)最好小于0.1。但是基于非常有限数量的平均数据的
R(int) 没什么意义
_021 : 检查 观测衍射数目/期望数目的比值 期待数目对应于劳埃群的不对称单
元中的数目。对于中心对称的结构，期望币值为小于或等于1.0;对于非中心对称
结构则小于2。超过这些数据可能是：对称性消光没有从观测数据中消除或采用
过多的数据进行精修
_022 :检测完整度，检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率
_023 : Check θmax。检测分辨率。当sin (θ)/λ <0.6 时，发布警告。
_024 : 检测优化的平均Friedel 对。对于含有比硅轻的原子的MoKa 数据，平均
Friedel 对是优先的。SHELXL97 精修中采用MERG 4。
_025 : 检查 h,k,l 范围
_026 : 检查弱点，检查2σ 以上的独立数据的衍射是否充分
_030 检测精修的消光参数是否有意义，检测它的值是否明显大于相应的s.u。如
果不是，这个参数应从结构模型精修中删除。目前默认值为3.33 s.u
_032 检测Flack 参数的S.U.
_033 检测Flack 参数偏离零的程度，即检查绝对构型的正确性。
_040 检查化合物中碳原子上是否有氢原子
_041 比较报道的与计算的总分子式Compare the Reported and Calculated Sum
Formula
_042 比较报道的与计算的残基分子式Compare the reported and Calculated
Moiety Formula
_043 比较报道的和计算的分子量Compare Reported and Calculated Molecular
Weight
_044 比较报道的和计算的分子量密度
_045 比较报道的和计算的Z 值
_046 检测报道的Z, MW, D(calc) 是否一致
_050 检测给出的mu 值
_051 测试报道的和计算的mu 的差别。
_052 测试吸收校正方法的条件
_053 测试晶体尺寸最小值xtal_dimension_min 的条件
_054 测试晶体尺寸中间值
_055 测试晶体尺寸最大值
_056 检测晶体半径Test for specification xtal_radius
_057 检测必需的吸收校正Test for absorption correction needed
_058 检测规定的最大透过率Tmax
_059 检测规定的最小透过率Tmin
_060 RR Test
_061 RR' Test
_062 Rescale Tmin & Tmax
_063 测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的Xray 束。例外的情况是使用
β 滤波器和足够大的准直仪。
_064 Test for T(max) .GE. T(min)
_065 检测（半）经验吸收校正的应用情况est for applicability of (semi-)empirical
abs.corr.
_070 检测原子标签的重复情况Test for duplicate atom labels
_071 检测是否有无法解释的标签
_080 检测最大的漂移/误差 比值 maximum shift/error
_081 检测给出的漂移/误差 比值Test for maximum shift/error given
_082 检测合理的R1 值
_084 检测合理的 R2 值
R2 一般是基于F2 精修出的R1 的两倍
_086, _087 检测合理的 S 值
_088 检测合理的Data / parameter 比值 (中心对称)
_089 检测合理的Data / parameter 比值(非中心对称)
_095 检测给出的最大残余密度
_096 检测给出的最大残余密度
_097 检测给出的最大残余密度
_098 检测给出的最小残余密度
_099 检测给出的小于0 的最小残余密度
_410, _413 : 检测分子键或分子内短程的H----H相互作用。当对称性错误的时候，
空间群错误时（偏低或偏高）按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本
应不存在，这是就可能会产生果断的相互作用。短程分子内作用可能源于H 原
子被放错误计算出来的原子上。也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而
造成错的错误（比如 2 代替了“-1”），当忽略晶胞转换时常发生。短相互作用用
1.2A 的范德华半径来表示，对分子间弱相互作用警报发生于距离短于2.4A。对
分子内来说，警报值发生在小于2.0A。这种警报对团簇构型很有意义，尤其是
当氢原子按照理想位置参与计算时
_412 & _413 报告CH3 H-atoms 的相互作用，这些氢最好采用理论计算方法获取。
_416 : 检测 分子内D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关
_417 : 检测 分子间D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关
_420 : 检测 D-H 没有受体用通常的氢键标准判断，氢键受体必须潜在。对OH
和常见的 -NH and -NH2 很少有例外。通常出现的错误是：A common -OH 上氢
键指向有误。.
_430 : 检测 D..A 距离。通常在D..A 距离小于范德华半径之和减去0.2 时，会
警报。
_431 : 检测 Hl...D 距离，检测与卤素有关的分子间的距离
_432 : 检测分子间距离


[ Last edited by 帝夫 on 2011-1-19 at 17:25 ]
赞一下(4人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
2楼2011-01-19 16:55:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing .. ?
PLAT057_ALERT_3_C Correction for Absorption Required RT(exp) ... 1.11
解决方法：主要注意cif 文件中的以下这几行，_exptl_absorpt_correction_type 这
一项只要做了xcif 就一般会自动填 'Multi-scan'，你也可根据自己的校正方法来
填。
一般可能出的问题就是这几行填得串了行，或者T_min 与T_max 填反了。仔细
检查
赞一下(2人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
10楼2011-01-19 17:08:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed
报告中显示对H 原子的修正方法是混合模式但没有列出H 原子相关的偏差。
解决方法：把.CIF 中的 "mixed" 改成 "constr" 就可以了。
赞一下(1人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
3楼2011-01-19 17:05:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
CIF Contains no X-H Bonds ...................... ?
CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles .......... ?
解决方法：在ins 文件中将Bond 改为Bond $h 命令,再在XL 中精修一下就可以
了
赞一下(1人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
4楼2011-01-19 17:06:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................ 0.37
修正轮数不够多 Maximum Shift/Error 值应该接近于0，至少要在0.02 以下。
解决方法：增加修正轮数（L.S. 后的数值改大）
问
赞一下(1人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
5楼2011-01-19 17:06:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.95 Ratio
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.78 Ratio
这二条是指原子有较大的非正定，说明没有修正好。
解决方法：可以考虑将这个有较大无序的O 进行分比（如占位率0.5：0.5）再修。
如果是衍射数据质量不够好而无法得到好的修正结果，那只有重新采集数据了。
赞一下(1人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
6楼2011-01-19 17:07:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
DENSX01_ALERT_1_A The ratio of the calculated to measured crystal density
lies outside the range 0.80 <> 1.20
Calculated density = 1.753
Measured density = 0.000

解决方法：在cif 里将_exptl_crystal_density_meas 0
改为：_exptl_crystal_density_meas ?

[ Last edited by 帝夫 on 2011-2-20 at 01:03 ]
赞一下(1人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
7楼2011-01-19 17:07:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C3 is NPD ..................... ?
解决方法：原子非正定，无序或者空间群错误， 或者数据不好。这个原子如果
在结构中不甚重要，可以按各向同性处理，一般不影响发表 。用ISOR 命令各
向同性，应该可以解决。
赞一下(1人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
8楼2011-01-19 17:07:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
Hirshfeld Test Diff for C1 - C2 .. 7.53 su
解决方法：ins 文件里加入 delu 0.02 c1 c2
（delu 限制所指定的原子具有接近指定范围内的位移参数）
赞一下(1人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
9楼2011-01-19 17:08:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jgq3518

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问PLAT939_ALERT_3_A Large Value of Not (SHELXL) Weight Optimized S .     994.70 如何处理
赞一下(2人) 回复此楼
35楼2011-10-06 16:45:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
ABSTY02_ALERT_1_C  An _exptl_absorpt_correction_type has been given without
            a literature citation. This should be contained in the
            _exptl_absorpt_process_details field.
            Absorption correction given as multi-scan

解决办法： 在cif文件中 _exptl_absorpt_process_details   ？
           该行的问号处填写 'SADABS (Sheldrick, 2008)'
                                       ——可根据实际情况填写。
赞一下(1人) 回复此楼
万俗皆走圆，一生尤学方！
51楼2013-05-19 09:55:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 帝夫 的主题更新
621/7返回列表123456下一页末页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 伙伴们，祝我生日快乐吧 +15 myrtle 2026-03-10 24/1200 2026-03-15 21:16 by 苏州_逗号
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +7 不知道叫什么！ 2026-03-15 8/400 2026-03-15 20:11 by 棒棒球手
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 0703 物理化学调剂 +3 我可以上岸的对� 2026-03-13 3/150 2026-03-15 17:32 by 小物理化学
[考研] 289求调剂 +5 步川酷紫123 2026-03-11 5/250 2026-03-15 00:45 by kruisytel
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 材料与化工 一志愿山大 321分 求调剂 +7 每天散步 2026-03-09 8/400 2026-03-14 02:18 by JourneyLucky
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:06 by 星空星月
[考研] 332求调剂 +3 Zz版 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:36 by 18595523086
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 0703一志愿211 285分求调剂 +4 ly3471z 2026-03-13 4/200 2026-03-13 13:00 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂（085602一志愿985） +12 化工人999 2026-03-09 12/600 2026-03-13 12:02 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
[考研] 纺织、生物、化学、材料相关专业招生了 +4 耶耶业 2026-03-09 7/350 2026-03-12 19:05 by Equinoxhua
[考研] 420求调剂 +4 莫向外求11 2026-03-10 6/300 2026-03-12 14:41 by ruiyingmiao
[考研] 294 英二数二物化 求调剂 +6 米饭团不好吃 2026-03-09 6/300 2026-03-09 23:55 by barlinike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭