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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主

[交流] 【交流】常见A、B类错误及解决办法大收集 已有34人参与

checkcif ：
1.http://checkcif.iucr.org/；
2.http://journals.iucr.org/services/cif/checkcif.html（for Acta  C and E）

checkcif 时，出现A、B类错误是很常见的，但这是我们做晶体人员必须得学会解决的问题。

坛子里的虫友们接触晶体的时间有长有短（有小硕的刚开始，也有大师的几十年），遇到过的问题却多有雷同，大都掌握了一定的解决A、B类错误的方法和技巧。

“常见A、B类错误及解决办法大收集”活动的目的是全面收集，编辑成册，惠及大家。

为了帮助更多的虫子方便、快速、自主地解决遇到的A、B类错误，特举办此活动，望大家积极参与，奖金丰厚（允许重复贴，视情况予以奖励）！
！
活动参与细则：
1.跟帖形式：
    B类错误：PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.78 Ratio
    解决办法：在ins中加simu 0.01 0.02 3.8 $C
2.重复问题，可以有不相同的解决办法。严禁直接copy
3.一条解决办法1~2个金币，高效者，可追加

2011年，我们希望晶体版块有个更好的开端、小木虫有个更猛的发展势头：新虫子的问题能够得到更好、更快速的答复；老虫子们能在这里逛得闲适、潇洒！



注：可能有部分帖子涉及到小汇总，如：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2768638&fpage=1，但远远不足，望虫友们多多支持工作~~

[ Last edited by 帝夫 on 2011-5-21 at 11:53 ]
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万俗皆走圆，一生尤学方！
1楼 2011-01-19 16:23:51
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

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Hirshfeld Test Diff for C1 - C2 .. 7.53 su
解决方法：ins 文件里加入 delu 0.02 c1 c2
（delu 限制所指定的原子具有接近指定范围内的位移参数）
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万俗皆走圆，一生尤学方！
9楼2011-01-19 17:08:06
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
一下关于CIF的检测说明摘自lijunjie84提供的http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2768638&fpage=1
关于CIF 检测中出现的A,B 等类错误的说明
一般分为8 类，分别为：
# _0xx - general
# _1xx - cell/symmetry
# _2xx - adp-related
# _3xx - intra geometry
# _4xx - inter geometry
# _5xx - coordination geometry
# _6xx - void tests
# _7xx – various test
下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家，希望能对您有所帮助！
_201 检测分子结构主体中各向同性的非氢原子，各向同性在通常的精修中并不
常用，只是在处理无序是才用到。
_202 检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子
_211 检测主体分子的NPD ADP's 。检测主体分子中各相异性参数中负值部分
（NPD is non-positive displacement ）
_212 检测溶剂或阴离子分子的NPD ADP's 。检测溶剂或阴离子分子中各相异性
参数中负值部
_213 主体分子中ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序没有
处理。
_214 溶剂或阴离子中ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序
没有处理。
_220 检测主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出
警报。太高或太低的值表明原子可能定错(i.e. Br versus Ag)
_221 检测非主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发
出警报
_222 检测主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警
报
_223 检测非主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出
警报
_230, _233 : Hirschfield 刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各
相异性参数，无序或过度精修可能会导致大小不一。原子的错误判定也会有这样
的结果。DELREF 技术 (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数据通常对含重
原子的键有较大的 DELU 值
_241, _242 检测相对于相邻原子过高或过低的U(eq)值。原子的U(eq) 值会被拿
去与所有非氢原子的平均U(eq)去比较，如果值太大，可能是原子定错了。
_013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度
_020 : 检测 R(int)。R(int)最好小于0.1。但是基于非常有限数量的平均数据的
R(int) 没什么意义
_021 : 检查 观测衍射数目/期望数目的比值 期待数目对应于劳埃群的不对称单
元中的数目。对于中心对称的结构，期望币值为小于或等于1.0;对于非中心对称
结构则小于2。超过这些数据可能是：对称性消光没有从观测数据中消除或采用
过多的数据进行精修
_022 :检测完整度，检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率
_023 : Check θmax。检测分辨率。当sin (θ)/λ <0.6 时，发布警告。
_024 : 检测优化的平均Friedel 对。对于含有比硅轻的原子的MoKa 数据，平均
Friedel 对是优先的。SHELXL97 精修中采用MERG 4。
_025 : 检查 h,k,l 范围
_026 : 检查弱点，检查2σ 以上的独立数据的衍射是否充分
_030 检测精修的消光参数是否有意义，检测它的值是否明显大于相应的s.u。如
果不是，这个参数应从结构模型精修中删除。目前默认值为3.33 s.u
_032 检测Flack 参数的S.U.
_033 检测Flack 参数偏离零的程度，即检查绝对构型的正确性。
_040 检查化合物中碳原子上是否有氢原子
_041 比较报道的与计算的总分子式Compare the Reported and Calculated Sum
Formula
_042 比较报道的与计算的残基分子式Compare the reported and Calculated
Moiety Formula
_043 比较报道的和计算的分子量Compare Reported and Calculated Molecular
Weight
_044 比较报道的和计算的分子量密度
_045 比较报道的和计算的Z 值
_046 检测报道的Z, MW, D(calc) 是否一致
_050 检测给出的mu 值
_051 测试报道的和计算的mu 的差别。
_052 测试吸收校正方法的条件
_053 测试晶体尺寸最小值xtal_dimension_min 的条件
_054 测试晶体尺寸中间值
_055 测试晶体尺寸最大值
_056 检测晶体半径Test for specification xtal_radius
_057 检测必需的吸收校正Test for absorption correction needed
_058 检测规定的最大透过率Tmax
_059 检测规定的最小透过率Tmin
_060 RR Test
_061 RR' Test
_062 Rescale Tmin & Tmax
_063 测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的Xray 束。例外的情况是使用
β 滤波器和足够大的准直仪。
_064 Test for T(max) .GE. T(min)
_065 检测（半）经验吸收校正的应用情况est for applicability of (semi-)empirical
abs.corr.
_070 检测原子标签的重复情况Test for duplicate atom labels
_071 检测是否有无法解释的标签
_080 检测最大的漂移/误差 比值 maximum shift/error
_081 检测给出的漂移/误差 比值Test for maximum shift/error given
_082 检测合理的R1 值
_084 检测合理的 R2 值
R2 一般是基于F2 精修出的R1 的两倍
_086, _087 检测合理的 S 值
_088 检测合理的Data / parameter 比值 (中心对称)
_089 检测合理的Data / parameter 比值(非中心对称)
_095 检测给出的最大残余密度
_096 检测给出的最大残余密度
_097 检测给出的最大残余密度
_098 检测给出的最小残余密度
_099 检测给出的小于0 的最小残余密度
_410, _413 : 检测分子键或分子内短程的H----H相互作用。当对称性错误的时候，
空间群错误时（偏低或偏高）按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本
应不存在，这是就可能会产生果断的相互作用。短程分子内作用可能源于H 原
子被放错误计算出来的原子上。也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而
造成错的错误（比如 2 代替了“-1”），当忽略晶胞转换时常发生。短相互作用用
1.2A 的范德华半径来表示，对分子间弱相互作用警报发生于距离短于2.4A。对
分子内来说，警报值发生在小于2.0A。这种警报对团簇构型很有意义，尤其是
当氢原子按照理想位置参与计算时
_412 & _413 报告CH3 H-atoms 的相互作用，这些氢最好采用理论计算方法获取。
_416 : 检测 分子内D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关
_417 : 检测 分子间D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关
_420 : 检测 D-H 没有受体用通常的氢键标准判断，氢键受体必须潜在。对OH
和常见的 -NH and -NH2 很少有例外。通常出现的错误是：A common -OH 上氢
键指向有误。.
_430 : 检测 D..A 距离。通常在D..A 距离小于范德华半径之和减去0.2 时，会
警报。
_431 : 检测 Hl...D 距离，检测与卤素有关的分子间的距离
_432 : 检测分子间距离


[ Last edited by 帝夫 on 2011-1-19 at 17:25 ]
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万俗皆走圆，一生尤学方！
2楼2011-01-19 16:55:19
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed
报告中显示对H 原子的修正方法是混合模式但没有列出H 原子相关的偏差。
解决方法：把.CIF 中的 "mixed" 改成 "constr" 就可以了。
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万俗皆走圆，一生尤学方！
3楼2011-01-19 17:05:46
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主
CIF Contains no X-H Bonds ...................... ?
CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles .......... ?
解决方法：在ins 文件中将Bond 改为Bond $h 命令,再在XL 中精修一下就可以
了
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万俗皆走圆，一生尤学方！
4楼2011-01-19 17:06:16
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