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lyfxie8607木虫 (著名写手)
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amber跑受体配体复合物遇到问题
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已经生成了inpcrd和prmtop文件，但是跑md后发现整个蛋白的键全断了，要么很长，如图 我的流程是这样的 蛋白周围加了水，加了离子 1.先做了minimize，没有固定蛋白。 参数文件min1.in Initial minimisation of sustiva-RT complex （从网上的amber教程下载的不知道这一行的sustiva-RT complex有影响没有） &cntrl imin=1, maxcyc=2000, ncyc=100, cut=12, ntb=1, &end 2.再做平衡，升温从0K到300K。参数文件 eq.in Initial MD equilibration &cntrl imin=0, irest=0, nstlim=1000,dt=0.001, ntc=1, ntpr=20, ntwx=20, cut=12, ntb=1, ntt=3, gamma_ln=1.0, tempi=0.0, temp0=300.0, &end 生成的mdcrd文件查看一下就这样了，起始的结合还是没问题的，刚跑一步就乱了。 是我的操作流程有问题吗？还是参数设置的问题？ 最近刚学的amber，之前用NAMD似乎没有这么多步骤，请各位帮帮忙。  gabaa_e.jpg |
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 amber |
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