| 查看: 684 | 回复: 2 | |||
lyfxie8607木虫 (著名写手)
|
[求助]
amber跑受体配体复合物遇到问题
|
|
已经生成了inpcrd和prmtop文件，但是跑md后发现整个蛋白的键全断了，要么很长，如图 我的流程是这样的 蛋白周围加了水，加了离子 1.先做了minimize，没有固定蛋白。 参数文件min1.in Initial minimisation of sustiva-RT complex （从网上的amber教程下载的不知道这一行的sustiva-RT complex有影响没有） &cntrl imin=1, maxcyc=2000, ncyc=100, cut=12, ntb=1, &end 2.再做平衡，升温从0K到300K。参数文件 eq.in Initial MD equilibration &cntrl imin=0, irest=0, nstlim=1000,dt=0.001, ntc=1, ntpr=20, ntwx=20, cut=12, ntb=1, ntt=3, gamma_ln=1.0, tempi=0.0, temp0=300.0, &end 生成的mdcrd文件查看一下就这样了，起始的结合还是没问题的，刚跑一步就乱了。 是我的操作流程有问题吗？还是参数设置的问题？ 最近刚学的amber，之前用NAMD似乎没有这么多步骤，请各位帮帮忙。  gabaa_e.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber |
» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
评审感受-评审感受-评审感受
已经有18人回复
-
这年头没有找到涵评专家，还有中面上的可能吗
已经有10人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
青C资助名额大幅增加！
已经有14人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
风把牡丹吹跑了
已经有7人回复
-
教学课件你会给同学吗
已经有8人回复
-
26应届毕业生考博求助
已经有3人回复
-
重磅！青年科学基金项目（C类）资助增幅预计超过50%
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教各位有关分子对接的问题
已经有5人回复
- sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功
已经有16人回复
- AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
已经有9人回复
- 做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？
已经有5人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】ligplot 怎么确定残基范围？
已经有8人回复
- 【其他】autodock 保存文件
已经有14人回复
- 【求助】环糊精包合物的分子模拟
已经有29人回复
- 【求助】如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件？
已经有8人回复
- 【分享】Ligplot 安装 & 使用方法总结
已经有24人回复
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 6399.5
- 散金: 3081
- 红花: 17
- 帖子: 1777
- 在线: 568.6小时
- 虫号: 611974
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
2楼2013-03-08 21:30:18
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 6399.5
- 散金: 3081
- 红花: 17
- 帖子: 1777
- 在线: 568.6小时
- 虫号: 611974
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
3楼2013-03-08 23:33:24
精华III:
20