应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求用到AMBER force field的开源软件
111/2返回列表12下一页
查看: 2103  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

暖水袋

金虫 (初入文坛)

[求助] 求用到AMBER force field的开源软件

本人急需一些关于使用到AMBER力场的开源软件的代码，最好是用C++写的，需要在自己的程序中植入调用amber力场的代码，求大侠帮忙。金币可以给更多，万分感谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-01-16 14:50:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
暖水袋: 金币+3, ★★★很有帮助, 因为这几个我都之前下好的，所以少給几个金币，还是谢谢 2013-01-18 09:24:03
你去看看NAMD 和gromacs的源程序吧，这两个都可以调用amber力场
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

暖水袋
3楼2013-01-16 15:02:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
暖水袋: 金币+3, ★★★很有帮助, 因为这几个我都之前下好的，所以少給几个金币，还是谢谢 2013-01-18 09:24:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-16 15:02:18
你去看看NAMD 和gromacs的源程序吧，这两个都可以调用amber力场

最常见的就是这两个了 如果lz有amber也可以直接看代码
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-01-16 15:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tracel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流。lammps引用amber力场的方式和NAMD,GROMACS貌似不太一样。 2013-01-16 15:23:09
暖水袋: 金币+3, ★★★很有帮助, 因为这几个我都之前下好的，所以少給几个金币，还是谢谢 2013-01-18 09:24:29
lammps也可以用amber的力场
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-01-16 15:17:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

暖水袋

金虫 (初入文坛)
谢谢楼上的热情回复，我去看了下，跟我想要的有点区别，但还是非常感谢
赞一下 回复此楼
2楼2013-01-16 14:56:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

暖水袋

金虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-16 15:02:18
你去看看NAMD 和gromacs的源程序吧，这两个都可以调用amber力场

嗯，这两个分子动力学的就是感觉太庞大，我没有专门学过C++，就是怕看着太困难
赞一下 回复此楼
6楼2013-01-18 09:16:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

暖水袋

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-01-16 15:14:14
最常见的就是这两个了 如果lz有amber也可以直接看代码...

嗯，谢谢，amber貌似不是用C++写的，看不懂。。。
赞一下 回复此楼
7楼2013-01-18 09:17:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

暖水袋

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by tracel at 2013-01-16 15:17:35
lammps也可以用amber的力场

亲，这几个常用的我都有呢。我之前下载好的的已经有NAMD，gromacs，lammps，我应该在我的贴子里先说下的。。。然后目前打算从gromacs下手，好像gromacs是兼容amber和charmm力场的，既然兼容我就想是不是调用时的语句和公式可能是一样的呢，可是我去查看两者的公式形式并不完全一样呢。。。我先研究研究，到时候再请给位帮忙
赞一下 回复此楼
8楼2013-01-18 09:21:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

暖水袋

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-16 15:02:18
你去看看NAMD 和gromacs的源程序吧，这两个都可以调用amber力场

请问下您知道gromacs或者NAMD开源代码中计算amber力场那个公式的代码大致在哪里吗？我这外行找得好辛苦
赞一下 回复此楼
9楼2013-01-18 15:01:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
暖水袋: 金币+2, ★有帮助, 谢谢提醒，我会好好去看看 2013-01-29 09:16:31
我没有用过amber力场。抱歉

在gromacs中的工具  pdb2gmx  中有选择力场的选项，你可以看看这个这工具的源程序。

虽然都是amber力场，但是不同软件中的公式形式和单位是不同的，使用的时候，一定要注意
赞一下 回复此楼
10楼2013-01-18 15:43:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 暖水袋 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +6 礼堂丁真258 2026-02-28 8/400 2026-03-01 22:50 by jian_
[基金申请] 成果系统访问量大，请一小时后再尝试。---NSFC啥时候好哦，已经两天这样了 +4 NSFC2026我来了 2026-02-28 4/200 2026-03-01 22:37 by 铁门栓
[硕博家园] 博士自荐 +7 科研狗111 2026-02-26 11/550 2026-03-01 22:24 by 哲平L
[考研] 材料学硕318求调剂 +3 February_Feb 2026-03-01 3/150 2026-03-01 22:21 by gaoxiaoniuma
[考研] 材料类求调剂 +10 wana_kiko 2026-02-28 12/600 2026-03-01 22:10 by 海嵙Y
[考研] 求调剂 +3 yunziaaaaa 2026-03-01 3/150 2026-03-01 21:45 by 王兆江
[考研] 274求调剂 +3 cgyzqwn 2026-03-01 6/300 2026-03-01 21:24 by cgyzqwn
[考研] 299求调剂 +3 Y墨明棋妙Y 2026-02-28 5/250 2026-03-01 21:01 by tangxiaotian
[考研] 306分材料调剂 +4 chuanzhu川烛 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:48 by 无际的草原
[考研] 材料学硕318求调剂 +9 February_Feb 2026-03-01 11/550 2026-03-01 19:47 by 无懈可击111
[考研] 295求调剂 +7 19171856320 2026-02-28 7/350 2026-03-01 18:54 by 18137688336
[考研] 281求调剂 +4 2026计算机_诚心 2026-03-01 7/350 2026-03-01 17:20 by 2026计算机_诚心
[考研] 321求调剂一志愿东北林业大学材料与化工英二数二 +4 虫虫虫虫虫7 2026-03-01 7/350 2026-03-01 16:52 by caszguilin
[考研] 0856材料求调剂 +4 麻辣鱿鱼 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:51 by caszguilin
[考研] 285求调剂 +8 满头大汗的学生 2026-02-28 8/400 2026-03-01 16:47 by caszguilin
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 课题组接收材料类调剂研究生 +3 gaoxiaoniuma 2026-02-28 4/200 2026-03-01 14:30 by jjj三跨
[考研] 材料284求调剂，一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 302材料工程求调剂 +4 Doleres 2026-03-01 5/250 2026-03-01 11:52 by liqiongjy
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭