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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求用到AMBER force field的开源软件
汕头大学海洋科学接受调剂
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暖水袋

金虫 (初入文坛)

[求助] 求用到AMBER force field的开源软件

本人急需一些关于使用到AMBER力场的开源软件的代码，最好是用C++写的，需要在自己的程序中植入调用amber力场的代码，求大侠帮忙。金币可以给更多，万分感谢！
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1楼 2013-01-16 14:50:58
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
暖水袋: 金币+3, ★★★很有帮助, 因为这几个我都之前下好的，所以少給几个金币，还是谢谢 2013-01-18 09:24:03
你去看看NAMD 和gromacs的源程序吧，这两个都可以调用amber力场
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暖水袋
3楼2013-01-16 15:02:18
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
暖水袋: 金币+3, ★★★很有帮助, 因为这几个我都之前下好的，所以少給几个金币，还是谢谢 2013-01-18 09:24:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-16 15:02:18
你去看看NAMD 和gromacs的源程序吧，这两个都可以调用amber力场

最常见的就是这两个了 如果lz有amber也可以直接看代码
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4楼2013-01-16 15:14:14
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tracel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流。lammps引用amber力场的方式和NAMD,GROMACS貌似不太一样。 2013-01-16 15:23:09
暖水袋: 金币+3, ★★★很有帮助, 因为这几个我都之前下好的，所以少給几个金币，还是谢谢 2013-01-18 09:24:29
lammps也可以用amber的力场
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5楼2013-01-16 15:17:35
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暖水袋

金虫 (初入文坛)
谢谢楼上的热情回复，我去看了下，跟我想要的有点区别，但还是非常感谢
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2楼2013-01-16 14:56:52
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暖水袋

金虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-16 15:02:18
你去看看NAMD 和gromacs的源程序吧，这两个都可以调用amber力场

嗯，这两个分子动力学的就是感觉太庞大，我没有专门学过C++，就是怕看着太困难
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6楼2013-01-18 09:16:45
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暖水袋

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-01-16 15:14:14
最常见的就是这两个了 如果lz有amber也可以直接看代码...

嗯，谢谢，amber貌似不是用C++写的，看不懂。。。
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7楼2013-01-18 09:17:20
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暖水袋

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by tracel at 2013-01-16 15:17:35
lammps也可以用amber的力场

亲，这几个常用的我都有呢。我之前下载好的的已经有NAMD，gromacs，lammps，我应该在我的贴子里先说下的。。。然后目前打算从gromacs下手，好像gromacs是兼容amber和charmm力场的，既然兼容我就想是不是调用时的语句和公式可能是一样的呢，可是我去查看两者的公式形式并不完全一样呢。。。我先研究研究，到时候再请给位帮忙
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8楼2013-01-18 09:21:48
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暖水袋

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-16 15:02:18
你去看看NAMD 和gromacs的源程序吧，这两个都可以调用amber力场

请问下您知道gromacs或者NAMD开源代码中计算amber力场那个公式的代码大致在哪里吗？我这外行找得好辛苦
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9楼2013-01-18 15:01:08
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
暖水袋: 金币+2, ★有帮助, 谢谢提醒，我会好好去看看 2013-01-29 09:16:31
我没有用过amber力场。抱歉

在gromacs中的工具  pdb2gmx  中有选择力场的选项，你可以看看这个这工具的源程序。

虽然都是amber力场，但是不同软件中的公式形式和单位是不同的，使用的时候，一定要注意
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10楼2013-01-18 15:43:33
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