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自由黑黑

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps中读取的data文件和in文件

如何将编好的程序运行后得到的data文件用到lammps中,又如何运用到VMD中得到可视化模拟图?
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2楼2013-01-11 20:40:02
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-13 17:20:05
用read_data读,dump输出, 手册有详细说明
3楼2013-01-13 17:09:33
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-01-15 10:36:21
先用MS等可视化超强的软件把想要模拟的分子或模型建好(当然楼主也可以学习lammps本身的建模,但是它自身有极大限制只能建一些简单的模型)导出你所需要的相应格式的文件,比如我自身就是要pdb格式的文件,主要是要里面的坐标通过excel等工具手动编好所模拟的体系最小单元,比如模拟水就是一个水分子的data、或是氧气和二氧化碳就分别造两个气体分子的data,之后再通过lammps工具里面的一个复制工具放大到想要模拟的大小。如果是混合成分时候可以有很多过小的模拟盒子通过平移组装成大的模拟盒子。
4楼2013-01-14 19:58:53
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-15 10:36:38
对于可是化,那就是可视化lammps输出文件。打开VMD导入文件即可,导入的时候注意要选择lammps tra..那一个文件类型进行导入,到完后可对各个原子类型采用不同的显示方式,或是几种方式结合一起使用会等到一些非常漂亮的画面的。具体看一个VMD的手册(有中文版的)。
5楼2013-01-14 20:02:08
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18717718552

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by luxujie3 at 2013-01-14 20:02:08
对于可是化,那就是可视化lammps输出文件。打开VMD导入文件即可,导入的时候注意要选择lammps tra..那一个文件类型进行导入,到完后可对各个原子类型采用不同的显示方式,或是几种方式结合一起使用会等到一些非常漂 ...

可以发一份中文的VMD教程吗?目前使用VMD遇到一些问题解决不了,比如如何只显示团簇,如何使用力的状态着色 我的扣扣1012938384 方便的话可以加一下吗
6楼2015-10-08 08:35:35
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