| 查看: 2491 | 回复: 12 | ||
[求助]
有用lammps模拟过聚合物的相关性能吗？
|
|
各位虫友，有人用lammps做过聚合物的相关性能吗？有几个问题请指教： 1.我在in里边定义了一个group， region 1 block INF 2 INF INF INF INF units box group left region 1 在运行之前，查看data文件，x坐标小于2的atom有好多，但是，运行的时候，log文件里显示0 atoms in group left。（从log文件里看，在这条语句之前，没有任何模拟的成分，只是读取数据。） 我可以用其他方法定义group，但是我不懂为什么还没有运行，原子的坐标就变化了。 2.在运行的过程中，经常会报 warning：dihedral problem： 查过手册，说Conformation of the 4 listed dihedral atoms is extreme; you may want to check your simulation geometry。 四个原子，总有坐标很大或者很小的，但是我不知道怎么才能避免这种情况，大家有没有什么经验，可以告诉我一下。 也许问题很不上道，但是这个对我真的很困扰，希望得到你的帮助，先谢谢了！ |
回复此楼» 猜你喜欢
纯娱乐，不喜欢勿喷
已经有8人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
娱乐
已经有3人回复
-
面上提前没消息，有中的吗
已经有17人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【讨论】LAMMPS 在高性能计算机上测试，这样的结果正常吗
已经有5人回复
2楼2012-10-24 19:47:50
chaizhm
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 123 (高中生)
- 贵宾: 0.25
- 金币: 4805.4
- 散金: 139
- 红花: 13
- 帖子: 1472
- 在线: 267.8小时
- 虫号: 1253209
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 半导体材料
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:13:50
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:14:55
xdr: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，希望通过改结构解决，力场对于目前的我来说有点困难…… 2012-10-24 21:07:20
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:13:50
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:14:55
xdr: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，希望通过改结构解决，力场对于目前的我来说有点困难…… 2012-10-24 21:07:20
|
第二个问题加周期性边界条件了吗？ 警告是说二面角的问题，二面角是有四个不共面的原子构成的。我感觉是力场原则或者初始结构选择不恰当造成的 第一个问题还真不知道因为我不用lammps做计算 |
3楼2012-10-24 20:03:53
chaizhm
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 123 (高中生)
- 贵宾: 0.25
- 金币: 4805.4
- 散金: 139
- 红花: 13
- 帖子: 1472
- 在线: 267.8小时
- 虫号: 1253209
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 半导体材料
xdr4楼2012-10-24 20:05:54
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-24 21:17:31
xdr: 金币+2, ★有帮助, 谢谢啦，小小崇拜。 2012-10-25 11:02:43
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-24 21:17:31
xdr: 金币+2, ★有帮助, 谢谢啦，小小崇拜。 2012-10-25 11:02:43
|
我再自卖自夸一下，看看这个http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3946850 遇到问题，尽可能把你的问题说的详细一些，把你的log文件，特别是最后的错误提示贴出来，如果不涉及专业秘密的话，把你的整个in文件也列出来，这样看的人就能更加全面准确的去理解你的模拟。一般新手遇到的问题，你前面的N各新手可能都遇到过，直接搜索这个错误，也许很快就能找到解决的办法。 |
5楼2012-10-24 20:18:09
6楼2012-10-24 20:54:56
7楼2012-10-24 20:57:08
8楼2012-10-24 21:03:41
9楼2012-10-24 21:16:38
luxujie3
金虫 (著名写手)
- 应助: 54 (初中生)
- 金币: 4974.1
- 散金: 27
- 红花: 4
- 帖子: 1221
- 在线: 266.5小时
- 虫号: 756922
- 注册: 2009-04-24
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-25 09:00:56
xdr: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢！真心的。谢谢给我很有用的提供建议…… 2012-10-25 11:01:08
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-25 09:00:56
xdr: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢！真心的。谢谢给我很有用的提供建议…… 2012-10-25 11:01:08
| 我是使用lammps的，模拟高聚物一般都需要经过粗粒化的过程处理，且要找到合适的力场参数才能模拟得到比较理想的结果，看楼主的问题是说没有运行就发生坐标改变肯定是没有的事情我个人的经验就说明了，即使是使用的那个minimize命令初始构型的坐标也不会发生什么变化的。着说明一个问题是你定义group时候命令使用的不够准确 |
10楼2012-10-25 07:58:55
50