| 查看: 1991 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
有用lammps模拟过聚合物的相关性能吗？
|
||
|
各位虫友，有人用lammps做过聚合物的相关性能吗？有几个问题请指教： 1.我在in里边定义了一个group， region 1 block INF 2 INF INF INF INF units box group left region 1 在运行之前，查看data文件，x坐标小于2的atom有好多，但是，运行的时候，log文件里显示0 atoms in group left。（从log文件里看，在这条语句之前，没有任何模拟的成分，只是读取数据。） 我可以用其他方法定义group，但是我不懂为什么还没有运行，原子的坐标就变化了。 2.在运行的过程中，经常会报 warning：dihedral problem： 查过手册，说Conformation of the 4 listed dihedral atoms is extreme; you may want to check your simulation geometry。 四个原子，总有坐标很大或者很小的，但是我不知道怎么才能避免这种情况，大家有没有什么经验，可以告诉我一下。 也许问题很不上道，但是这个对我真的很困扰，希望得到你的帮助，先谢谢了！ |
回复此楼» 猜你喜欢
假如你的研究生提出不合理要求
已经有4人回复
-
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有27人回复
-
所感
已经有3人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
不自信的我
已经有11人回复
-
北核录用
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有3人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有8人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有10人回复
-
26申博（荧光探针方向，有机合成）
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【讨论】LAMMPS 在高性能计算机上测试，这样的结果正常吗
已经有5人回复
chaizhm
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 123 (高中生)
- 贵宾: 0.25
- 金币: 4747.9
- 散金: 139
- 红花: 13
- 帖子: 1412
- 在线: 266.1小时
- 虫号: 1253209
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 半导体材料
xdr
4楼2012-10-24 20:05:54
2楼2012-10-24 19:47:50
chaizhm
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 123 (高中生)
- 贵宾: 0.25
- 金币: 4747.9
- 散金: 139
- 红花: 13
- 帖子: 1412
- 在线: 266.1小时
- 虫号: 1253209
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 半导体材料
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:13:50
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:14:55
xdr: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，希望通过改结构解决，力场对于目前的我来说有点困难…… 2012-10-24 21:07:20
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:13:50
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:14:55
xdr: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，希望通过改结构解决，力场对于目前的我来说有点困难…… 2012-10-24 21:07:20
|
第二个问题加周期性边界条件了吗？ 警告是说二面角的问题，二面角是有四个不共面的原子构成的。我感觉是力场原则或者初始结构选择不恰当造成的 第一个问题还真不知道因为我不用lammps做计算 |
3楼2012-10-24 20:03:53
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-24 21:17:31
xdr: 金币+2, ★有帮助, 谢谢啦，小小崇拜。 2012-10-25 11:02:43
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-24 21:17:31
xdr: 金币+2, ★有帮助, 谢谢啦，小小崇拜。 2012-10-25 11:02:43
|
我再自卖自夸一下，看看这个http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3946850 遇到问题，尽可能把你的问题说的详细一些，把你的log文件，特别是最后的错误提示贴出来，如果不涉及专业秘密的话，把你的整个in文件也列出来，这样看的人就能更加全面准确的去理解你的模拟。一般新手遇到的问题，你前面的N各新手可能都遇到过，直接搜索这个错误，也许很快就能找到解决的办法。 |
5楼2012-10-24 20:18:09