应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 有用lammps模拟过聚合物的相关性能吗？
131/2返回列表12下一页
查看: 1989  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xdr

金虫 (正式写手)

[求助] 有用lammps模拟过聚合物的相关性能吗？

各位虫友，有人用lammps做过聚合物的相关性能吗？有几个问题请指教：
1.我在in里边定义了一个group，
region            1 block INF 2 INF INF INF INF units box  
group             left region 1
在运行之前，查看data文件，x坐标小于2的atom有好多，但是，运行的时候，log文件里显示0 atoms in group left。（从log文件里看，在这条语句之前，没有任何模拟的成分，只是读取数据。）
我可以用其他方法定义group，但是我不懂为什么还没有运行，原子的坐标就变化了。

2.在运行的过程中，经常会报
warning：dihedral problem：
查过手册，说Conformation of the 4 listed dihedral atoms is extreme; you may want to check your simulation geometry。
四个原子，总有坐标很大或者很小的，但是我不知道怎么才能避免这种情况，大家有没有什么经验，可以告诉我一下。

也许问题很不上道，但是这个对我真的很困扰，希望得到你的帮助，先谢谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-10-24 17:05:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xdr

金虫 (正式写手)
这几次的贴，都没有人回复，这是怎么回事，我已经不会问问题了吗？
赞一下 回复此楼
2楼2012-10-24 19:47:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:13:50
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 20:14:55
xdr: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，希望通过改结构解决，力场对于目前的我来说有点困难…… 2012-10-24 21:07:20
第二个问题加周期性边界条件了吗？
警告是说二面角的问题，二面角是有四个不共面的原子构成的。我感觉是力场原则或者初始结构选择不恰当造成的

第一个问题还真不知道因为我不用lammps做计算
赞一下 回复此楼
壁立万仞，无欲则刚
3楼2012-10-24 20:03:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xdr at 2012-10-24 19:47:50
这几次的贴，都没有人回复，这是怎么回事，我已经不会问问题了吗？

你问的问题挺好的啊 也挺认真的

没有及时回答你的问题，版主也有一定的原因，这种情况下，你可以发个私信给版主。可能我不用lammps，然后我看完就没有回复，然后把那个审阅线提上来以后，后面的版主就不看了，你发私信的话，斑竹们就能看到你的问题
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xdr
壁立万仞，无欲则刚
4楼2012-10-24 20:05:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-24 21:17:31
xdr: 金币+2, ★有帮助, 谢谢啦，小小崇拜。 2012-10-25 11:02:43
我再自卖自夸一下，看看这个http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3946850

遇到问题，尽可能把你的问题说的详细一些，把你的log文件，特别是最后的错误提示贴出来，如果不涉及专业秘密的话，把你的整个in文件也列出来，这样看的人就能更加全面准确的去理解你的模拟。一般新手遇到的问题，你前面的N各新手可能都遇到过，直接搜索这个错误，也许很快就能找到解决的办法。
赞一下 回复此楼
5楼2012-10-24 20:18:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xdr

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by chaizhm at 2012-10-24 20:05:54
你问的问题挺好的啊 也挺认真的

没有及时回答你的问题，版主也有一定的原因，这种情况下，你可以发个私信给版主。可能我不用lammps，然后我看完就没有回复，然后把那个审阅线提上来以后，后面的版主就不看了，你 ...

首先，感谢版主的“你问的问题挺好的啊 也挺认真的”真的是有点怀疑自己是不是越来越不会表述了……看到版主这一句，还是有点安慰。

当然，也非常感谢版主的提醒。
赞一下 回复此楼
6楼2012-10-24 20:54:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xdr

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chaizhm at 2012-10-24 20:03:53
第二个问题加周期性边界条件了吗？
警告是说二面角的问题，二面角是有四个不共面的原子构成的。我感觉是力场原则或者初始结构选择不恰当造成的

第一个问题还真不知道因为我不用lammps做计算

是的，周期性边界。
回复此楼
7楼2012-10-24 20:57:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xdr

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-24 20:18:09
我再自卖自夸一下，看看这个http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3946850

遇到问题，尽可能把你的问题说的详细一些，把你的log文件，特别是最后的错误提示贴出来，如果不涉及专业秘密的话，把你的整个in文件 ...

曾经看到过版主给别人的回复，觉得很厉害，因此还浏览了版主发的其他贴，当然包括，推荐的这个。

对lammps我是新手，每次出错，最直接想到的是网页搜索，然后是论坛搜索，实在找不到才会发帖。

ps：版主为什么这次用中文回复？
赞一下 回复此楼
8楼2012-10-24 21:03:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xdr

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xdr at 2012-10-24 21:03:41
曾经看到过版主给别人的回复，觉得很厉害，因此还浏览了版主发的其他贴，当然包括，推荐的这个。

对lammps我是新手，每次出错，最直接想到的是网页搜索，然后是论坛搜索，实在找不到才会发帖。

ps：版主为什 ...


请版主忽视ps
回复此楼
9楼2012-10-24 21:16:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-25 09:00:56
xdr: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢！真心的。谢谢给我很有用的提供建议…… 2012-10-25 11:01:08
我是使用lammps的，模拟高聚物一般都需要经过粗粒化的过程处理，且要找到合适的力场参数才能模拟得到比较理想的结果，看楼主的问题是说没有运行就发生坐标改变肯定是没有的事情我个人的经验就说明了，即使是使用的那个minimize命令初始构型的坐标也不会发生什么变化的。着说明一个问题是你定义group时候命令使用的不够准确
赞一下 回复此楼
10楼2012-10-25 07:58:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xdr 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭