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有用lammps模拟过聚合物的相关性能吗？
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各位虫友，有人用lammps做过聚合物的相关性能吗？有几个问题请指教： 1.我在in里边定义了一个group， region 1 block INF 2 INF INF INF INF units box group left region 1 在运行之前，查看data文件，x坐标小于2的atom有好多，但是，运行的时候，log文件里显示0 atoms in group left。（从log文件里看，在这条语句之前，没有任何模拟的成分，只是读取数据。） 我可以用其他方法定义group，但是我不懂为什么还没有运行，原子的坐标就变化了。 2.在运行的过程中，经常会报 warning：dihedral problem： 查过手册，说Conformation of the 4 listed dihedral atoms is extreme; you may want to check your simulation geometry。 四个原子，总有坐标很大或者很小的，但是我不知道怎么才能避免这种情况，大家有没有什么经验，可以告诉我一下。 也许问题很不上道，但是这个对我真的很困扰，希望得到你的帮助，先谢谢了！ |
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chaizhm
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第二个问题加周期性边界条件了吗？ 警告是说二面角的问题，二面角是有四个不共面的原子构成的。我感觉是力场原则或者初始结构选择不恰当造成的 第一个问题还真不知道因为我不用lammps做计算 |
3楼2012-10-24 20:03:53
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chaizhm
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我再自卖自夸一下，看看这个http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3946850 遇到问题，尽可能把你的问题说的详细一些，把你的log文件，特别是最后的错误提示贴出来，如果不涉及专业秘密的话，把你的整个in文件也列出来，这样看的人就能更加全面准确的去理解你的模拟。一般新手遇到的问题，你前面的N各新手可能都遇到过，直接搜索这个错误，也许很快就能找到解决的办法。 |
5楼2012-10-24 20:18:09
