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lammps中读取的data文件和in文件
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| 如何将编好的程序运行后得到的data文件用到lammps中，又如何运用到VMD中得到可视化模拟图？ |
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ddll_slsl
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3楼2013-01-13 17:09:33
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2楼2013-01-11 20:40:02
luxujie3
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-01-15 10:36:21
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-01-15 10:36:21
| 先用MS等可视化超强的软件把想要模拟的分子或模型建好（当然楼主也可以学习lammps本身的建模，但是它自身有极大限制只能建一些简单的模型）导出你所需要的相应格式的文件，比如我自身就是要pdb格式的文件，主要是要里面的坐标通过excel等工具手动编好所模拟的体系最小单元，比如模拟水就是一个水分子的data、或是氧气和二氧化碳就分别造两个气体分子的data，之后再通过lammps工具里面的一个复制工具放大到想要模拟的大小。如果是混合成分时候可以有很多过小的模拟盒子通过平移组装成大的模拟盒子。 |
4楼2013-01-14 19:58:53
luxujie3
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5楼2013-01-14 20:02:08
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