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cz_rubygd

铁杆木虫 (正式写手)

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[交流] 帮忙看看有关研究蛋白质相互作用的分析方法问题

首先声明，本人不懂生物学，所以文献中有关实验方法的起始句不太明白。
1To determine whether the compounds inhibited bromodomain-histone binding we utilized a peptide displacement assay based on AlphaScreen technology.
这句话中，主要是采用“什么方法？生物的不懂，请给与解释”测定化合物抑制溴域蛋白-组氨酸的结合作用。

2 to investigate the selectivity of these compounds against other bromodomain, we employed a binding assay based on protein stablity shift.
这句话，依旧是后半句，生物学的分析方法，不懂，需要各位帮我扫盲。

3 To order to confirm that the dimethylisoxazole moiety was acting as a KAc minic and to elucidate structure-activity profiles for these compounds , we obtained the cocrystal structures of -------.
这句话就是KAc是啥缩写啊。
另外，有关对蛋白抑制作用的坐标图中， Y-坐标（RLUs）和X-坐标(Dose)分别代表什么含义，图贴不上去啊。

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1楼 2013-01-06 12:44:02

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zhang881007

金虫 (小有名气)

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★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cz_rubygd: 金币+2, 谢谢！麻烦近两天关注我在生物板块的其他求助帖，关于分子对接的 2013-01-07 13:09:30

KAc, 你得看看文中是否相符。我给你的文献有一篇就是做stability shift。例如，你用热变性来考察蛋白稳定性，由于条件的改变，加底物，得到的曲线与无底物的就不一致。这就是稳定性漂移！

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4楼2013-01-07 09:03:57

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zhang881007

金虫 (小有名气)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cz_rubygd: 金币+4, 谢谢，protein stablity shift是什么情况？ 2013-01-06 22:54:33
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流 2013-01-07 16:30:31

你这篇文章的实验性非常强，有点像小综述。涉及的技术较多，
1. alpha Screen: http://www.proteomebinders.org/meetings/alpbach/talks/Chevet.pdf
2.A bromodomain is a protein domain that recognizes acetylated lysine residues such as those on the N-terminal tails of histones所以是测定化合物对Bromodomain活性的抑制作用
3.这是研究蛋白结构性质的方法，可以阅读本文http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21674662
4.第三点，爱莫能助，缩写太多，而且没图不能判断

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2楼2013-01-06 14:15:04

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