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cz_rubygd

铁杆木虫 (正式写手)


[交流] 帮忙看看有关研究蛋白质相互作用的分析方法问题

首先声明,本人不懂生物学,所以文献中有关实验方法的起始句不太明白。
1To determine whether the compounds inhibited bromodomain-histone binding we utilized a peptide displacement assay based on AlphaScreen technology.
这句话中,主要是采用“什么方法?生物的不懂,请给与解释”测定化合物抑制溴域蛋白-组氨酸的结合作用。

2 to investigate the selectivity of these compounds against other bromodomain, we employed a binding assay based on protein stablity shift.
这句话,依旧是后半句,生物学的分析方法,不懂,需要各位帮我扫盲。

3 To order to confirm that the dimethylisoxazole moiety was acting as a KAc minic and to elucidate structure-activity profiles for these compounds , we obtained the cocrystal structures of -------.
这句话就是KAc是啥缩写啊。
另外,有关对蛋白抑制作用的坐标图中, Y-坐标(RLUs)和X-坐标(Dose)分别代表什么含义,图贴不上去啊。
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zhang881007

金虫 (小有名气)


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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
cz_rubygd: 金币+4, 谢谢,protein stablity shift是什么情况? 2013-01-06 22:54:33
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流 2013-01-07 16:30:31
你这篇文章的实验性非常强,有点像小综述。涉及的技术较多,
1. alpha Screen:  http://www.proteomebinders.org/meetings/alpbach/talks/Chevet.pdf
2.A bromodomain is a protein domain that recognizes acetylated lysine residues such as those on the N-terminal tails of histones所以是测定化合物对Bromodomain活性的抑制作用
3.这是研究蛋白结构性质的方法,可以阅读本文http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21674662
4.第三点,爱莫能助,缩写太多,而且没图不能判断
2楼2013-01-06 14:15:04
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ccharlien

木虫 (正式写手)


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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
cz_rubygd: 金币+2, 谢谢 2013-01-06 22:54:27
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-07 16:30:47
3. 实验室里KAc 一般是醋酸钾的缩写(Potassium acetate),没有上下文,不确定
RLUs一般是Relative Luciferase Units的缩写 Dose就是试剂的剂量
看起来是用了一个报告基因试验证明剂量对活性改变的影响
3楼2013-01-06 20:57:27
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zhang881007

金虫 (小有名气)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
cz_rubygd: 金币+2, 谢谢!麻烦近两天关注我在生物板块的其他求助帖,关于分子对接的 2013-01-07 13:09:30
KAc, 你得看看文中是否相符。我给你的文献有一篇就是做stability shift。 例如,你用热变性来考察蛋白稳定性, 由于条件的改变,加底物, 得到的曲线与无底物的就不一致。这就是稳定性漂移!
4楼2013-01-07 09:03:57
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luck_cc

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
多看看分子生物学的书吧,这些分子的实验都还是挺有用的
5楼2013-01-07 12:48:27
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简单回复
2013-04-20 15:05   回复  
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