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木子勇夏

新虫 (小有名气)

[求助] 请教各位大虾 DGGE电泳图哪个参数要改

新手上路,大家多多指教。

DGGE.jpg
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在雨中

金虫 (著名写手)


【答案】应助回帖


木子勇夏: 金币+1 2013-05-17 15:20:02
引用回帖:
17楼: Originally posted by 在雨中 at 2013-01-15 21:10:47
我做过几次NS1+GC-Fung的DGGE,这个扩增片段是349bp,我们一般是10-50%的梯度。一般是70-80V,10-12h。建议低电压长时间电泳。

给你看看我们实验室刚做的真菌NS1 和Fung引物扩增的真菌PCR产物的DGGE电泳图。不错吧

DGGE.png

18楼2013-01-15 21:12:44
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木子勇夏

新虫 (小有名气)

条带大小业约为200bp,电压 160V 温度58   4.5h
2楼2013-01-05 16:56:12
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的样品是什么?胶的梯度呢?跑的时间太短了,160V怎么也得7个小时吧,细菌的DGGE有人推荐1230V.h这个条件
3楼2013-01-05 19:10:35
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木子勇夏

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by elbo at 2013-01-05 19:10:35
你的样品是什么?胶的梯度呢?跑的时间太短了,160V怎么也得7个小时吧,细菌的DGGE有人推荐1230V.h这个条件

谢谢您哦,细菌的我的这个条件跑得挺好的,这个是真菌的,参照别人的条件,跑出来的效果却是这样的,太不理想了。   胶梯度是10%~35%。
4楼2013-01-06 08:34:58
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我觉得你应该改胶的浓度
5楼2013-01-06 12:35:29
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木子勇夏

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by elbo at 2013-01-06 12:35:29
我觉得你应该改胶的浓度

哦,谢谢。不知道浓度方面有什么建议呢?
6楼2013-01-07 10:32:08
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我同学跑土壤真菌 30-50梯度,你看你DGGE图谱中带没跑开,很可能是胶浓度不对

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2013-01-07 13:02:33
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木子勇夏

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by elbo at 2013-01-07 13:02:33
我同学跑土壤真菌 30-50梯度,你看你DGGE图谱中带没跑开,很可能是胶浓度不对

哦,谢谢你的提示,我也要尝试一下,请问你同学的引物是NS1+GC-Fung吗?条带大小是不是300左右?
我之前跑真菌试过18%~38%,也差不多是这样的图。
8楼2013-01-08 11:01:18
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

有时候也跑20-50梯度,引物是那个不知道,但DGGE所需PCR产物长短变化不大。
9楼2013-01-08 11:33:39
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xiaowo1127

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主,你好,我想请教一下,你是做土壤微生物的吗?我是研究这方面的,但是做过很多次,PCR始终不成功,请问楼主能否把你的细菌PCR条件给我看一下呢~~~
10楼2013-01-10 15:47:43
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